Όμως η πρότασή του για την εκλογή του νέου αρχηγού του κόμματος από συνέδριο, όπου θεωρεί ότι τον ευνοούν οι εσωκομματικοί συσχετισμοί και όχι με άμεση εκλογή όπως προβλέπει το καταστατικό του κόμματος, προκαλεί ήδη εντάσεις. Εκτός αυτού, τα στελέχη του κόμματος, δεν βλέπουν με καθόλου καλό μάτι την απόφασή του να μετατεθεί η διαδικασία της εκλογής νέου Προέδρου για τον Ιούνιο του 2016.
Ο γρίφος της διαδικασίας αλλά και του χρόνου εκλογής του νέου προέδρου της ΝΔ αναμένεται να λυθεί την προσεχή Παρασκευή σε έκτακτη σύνοδο της Πολιτικής Επιτροπής. Είναι όμως σαφές, ότι η πρόταση που διατύπωσε δημοσίως ο κ. Μεϊμαράκης να μην υπάρξει άμεση εκλογή προέδρου, όπως συνέβη στην περίπτωση του Αντώνη Σαμαρά, αλλά μέσα από συνέδριο, προκαλεί αντιρρήσεις. Τις περισσότερες διαφωνίες εμφανίζεται να εγείρει η Ντόρα Μπακογιάννη, η οποία προτάσσει τον σεβασμό των καταστατικών διαδικασιών.

Αντίθετος με την αλλαγή της διαδικασίας είναι και ο Μάκης Βορίδης ο οποίος ανέφερε ότι ο επόμενος αρχηγός της ΝΔ «πρέπει να προκύψει μέσα από μια ανοιχτή, συμμετοχική, πλατιά, μαζική διαδικασία». Με την πρόταση του κ. Μεϊμαράκη φέρεται να διαφωνεί και ο βουλευτής της ΝΔ, Κυριάκος Μητσοτάκης ο οποίος συγκαταλέγεται στα πρόσωπα που θα διεκδικήσουν την ηγεσία του κόμματος. Αντίθετα, υπέρ της αλλαγής του τρόπου εκλογής φέρεται να τάσσεται η λεγόμενη πτέρυγα των καραμανλικών. Ενδεικτική ήταν η αναφορά του στενού συνεργάτη του Κώστα Καραμανλή, Ευάγγελου Αντώναρου, ο οποίος χαρακτήρισε «απόλυτα σωστή την άποψη του κ. Μεϊμαράκη» και υπογράμμισε μάλιστα ότι δεν μπορεί να εκλέγει τον πρόεδρο της ΝΔ «ο κάθε περαστικός». Υπέρ της πρότασης του κ. Μεϊμαράκη τάσσεται και ο Ευριπίδης Στυλιανίδης που ανήκει στη λεγόμενη «καραμανλική πτέρυγα».