Με 6,4 εκατ. επιβάτες και 8,3 εκατ. θέσεις η Αθήνα έχει τα πρωτεία και για το 2016. Ακολουθεί το Ηράκλειο με 2,8 εκατ. επιβάτες και 3,5 εκατ. θέσεις,  ενώ στην 3η βρίσκεται η Ρόδος με 2 εκατ. επιβάτες και 2,4 εκατ. θέσεις. Η Θεσσαλονίκη βρίσκεται στην 4η θέση εμφανίζοντας μείωση κατά -29 χιλ. επιβάτες και –93 χιλ. θέσεις.  Στην 5η θέση βρίσκεται η Κέρκυρα με 1,2 εκ. επιβάτες και αύξηση +138 χιλ. , ενώ η αύξηση των θέσεων ανήλθε σε +173 χιλ.

Μεγάλη μείωση τόσο σε αριθμό επιβατών (-121 χιλ.), όσο και σε αριθμό θέσεων (-176 χιλ.) παρατηρήθηκε στο αεροδρόμιο της Κω, ως αποτέλεσμα της μεταναστευτικής/προσφυγικής κρίσης σύμφωνα με τον ΣΕΤΕ, ο οποίος επισημαίνει ότι το ίδιο φαινόμενο παρατηρείται και σε αλλά νησιά που αντιμετώπισαν το αντίστοιχο πρόβλημα. Ειδικότερα, Σάμος (-30 χιλ. επιβάτες/ -33 χιλ. θέσεις), Μυτιλήνη (44 χιλ. επιβάτες/ -60 χιλ. θέσεις) και Χίος (-4,9 χιλ. επιβάτες/ -8,5 χιλ. θέσεις).  Το αεροδρόμιο της Λήμνου που το 2015 δεν είχε διεθνείς πτήσεις, το 2016 δέχτηκε 10.492 επιβάτες εμφανίζοντας πληρότητα 60,9%. 

Το 2016, το αεροδρόμιο των Χανίων παρουσίασε τη μεγαλύτερη πληρότητα με 86,6% έναντι 86,9% το 2015, ακολουθεί το αεροδρόμιο της Κω με 85,3% (έναντι 82,9% το 2015) και στη τρίτη θέση  βρίσκεται η Ζάκυνθος με 84,7% (84,9% το 2015). Η Χίος είναι το αεροδρόμιο με τη χαμηλότερη πληρότητα (33,3%) το 2016. Πολύ χαμηλές πληρότητες εμφάνισαν και τα αεροδρόμια της Αλεξανδρούπολης (42,9%) και του Βόλου (44,7%).