Πιο συγκεκριμένα η συμπλήρωση έχει ως εξής: «H δια το παρόντος άρθρου προβλεπόμενη εισφορά δεν επιβάλλεται σε ημεδαπές και αλλοδαπές εταιρείες που έχουν εγκαταστήσει γραφείο ή υποκατάστημα δυνάμει του άρθρου 25 του νόμου 27/1975 και ασχολούνται με την διαχείριση ή εκμετάλλευση πλοίων υπό ελληνική ή ξένη σημαία καθώς και με τις λοιπές εργασίες που προβλέπονται από την εγκριτική πράξη εγκατάστασής τους».
Η αρχική διατύπωση του άρθρου 45 προκάλεσε την άμεση αντίδραση της Ένωσης Ελλήνων Εφοπλιστών, αλλά και του Ναυτικού Επιμελητηρίου Ελλάδος, γιατί μεταξύ άλλων άφηνε να εννοηθεί ότι θα φορολογούνταν αυτόνομα εκ νέου και πέραν των νέων φορολογικών συντελεστών που ισχύουν για τη ναυτιλία, η δραστηριότητα της ναυλομεσιτείας, αλλά και της αγοραπωλησίας πλοίων.
Ο αναπληρωτής υπουργός Οικονομικών Χρήστος Σταϊκούρας για να δικαιολογήσει τη νέα ρύθμιση αυτή επικαλέστηκε γνωμοδότηση του Επιστημονικού Συμβουλίου της Βουλής και ισχυρίστηκε ότι γίνεται αυτό για να αποφευχθούν περιπτώσεις διπλής φορολογίας.
Σημειώνεται ότι αρχικά στην Αιτιολογική Έκθεση αναφέρεται ότι η νέα φορολογία επιβάλλεται για λόγους ίσης μεταχείρισης μεταξύ των εταιριών που παρέχουν διάφορες υπηρεσίες στη ναυτιλία, ενώ η διατύπωση του άρθρου προκαλούσε σύγχυση καθώς συμπεριλάμβανε και τις εταιρίες της ποντοπόρου ναυτιλίας.
Στις εταιρίες της ποντοπόρου ναυτιλίας, πάντως με το νέο νόμο, έχει αλλάξει το φορολογικό καθεστώς.