Το ζήτημα που τέθηκε για την Ελλάδα και άλλα κράτη μέλη είναι αν αφαιρείται ή μειώνεται η δυνατότητα του κράτους να παρεμβαίνει για να υποστηρίξει ορισμένους κλάδους, π.χ. ανανεώσιμες πηγές, ή για να ελαφρύνει κάποιους άλλους, π.χ. ενεργοβόρες βαριές βιομηχανίες, όπως τσιμέντα, μεταλλουργία, λιπάσματα, και έτσι να εφαρμόσει βιομηχανική πολιτική που ανταποκρίνεται στις εκάστοτε συνθήκες, ανάγκες και ιδιαιτερότητες της οικονομίας και της κοινωνίας.
Σημαντικό στοιχείο είναι ότι το κράτος θα έχει τη δυνατότητα να ελαφρύνει- χωρίς αυτό να συνιστά παράνομη κρατική ενίσχυση- το ενεργειακό κόστος των μεγάλων ενεργοβόρων βιομηχανιών του, όταν αυτό κρίνεται απαραίτητο λόγω έντονου και αθέμιτου διεθνούς ανταγωνισμού από χώρες που δεν υπόκεινται στο ίδιο αυστηρό πλαίσιο κανόνων της ΕΕ (περιβαλλοντική και κλιματική πολιτική, κανόνες ανταγωνισμού) και ως εκ τούτου απειλείται η απασχόληση. Αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό για την Ελλάδα, γιατί οι βαριές βιομηχανίες της, που απασχολούν σημαντικό εργατικό δυναμικό, είναι εκτεθειμένες στην πίεση των τιμών της ενέργειας και των τρεχουσών γεωπολιτικών εξελίξεων (π.χ. κρίση στην Ουκρανία). Το αυξημένο κόστος τους τις καθιστά πιο ευάλωτες στον ανταγωνισμό από τις βιομηχανίες γειτονικών τρίτων χωρών που, επειδή δεν υπόκεινται στους ίδιους περιορισμούς και έχουν μικρότερο λειτουργικό κόστος, έχουν κίνητρο να υποκαταστήσουν την ελληνική βιομηχανική παραγωγή.
Μέσα από διαπραγμάτευση, το αρχικό κείμενο του κ. Αλμούνια υπέστη τροποποιήσεις για να ληφθούν υπόψη οι ιδιαιτερότητες ορισμένων κρατών και κλάδων της βιομηχανίας. Σύμφωνα με πληροφορίες, η επίτροπος, Μαρία Δαμανάκη, ήταν μεταξύ των επιτρόπων που πέτυχαν συγκεκριμένες επωφελείς για την Ελλάδα τροποποιήσεις. Οι κοινός παρανομαστής της προσπάθειας των επιτρόπων Δαμανάκη (αρμόδιος επίτροπος θαλασσίων υποθέσεων), Ταγιάνι (επιχειρήσεις) και Έτινγκερ (ενέργεια) ήταν να μην προκληθούν δυσανάλογες επιπτώσεις στην ανταγωνιστικότητα των ευρωπαϊκών επιχειρήσεων που ήδη βρίσκονται υπό την πίεση του διεθνούς ανταγωνισμού και του υψηλού κόστους ενέργειας, και έτσι να διατηρηθούν ή να βελτιωθούν τα επίπεδα απασχόλησης στους κλάδους αυτούς.
Η διαπραγμάτευση ήταν ιδιαίτερα δύσκολη, τόσο λόγω της υψηλής τεχνικότητας του θέματος, όσο και λόγω της διαφορετικής στάσης ομάδας άλλων επιτρόπων, για τους οποίους η τήρηση των κανόνων ανταγωνισμού υπερέχει της μέριμνας για την απασχόληση ή για τη διατήρηση της ευρωπαϊκής βιομηχανικής βάσης, και γενικότερα αντιτίθενται σε οποιαδήποτε παρέμβαση του κράτους στην οικονομία.
Αναλυτικότερα για την Ελλάδα, με τις τροποποιήσεις εξασφαλίστηκε ότι το κράτος θα έχει τη δυνατότητα να παρέχει οικονομική στήριξη σε ενεργειακές επενδύσεις, σε όλη την ελληνική επικράτεια και όχι μόνο στις οικονομικά ασθενέστερες περιφέρειες, όπως προβλεπόταν στην αρχική πρόταση. Για παράδειγμα, τα μικρά νησιά του Νοτίου Αιγαίου, τα οποία διοικητικά ανήκουν σε οικονομικά ανεπτυγμένη περιφέρεια λόγω του ακαθάριστου προϊόντος νησιών όπως η Ρόδος, δεν θα ήταν επιλέξιμα για κρατική επιδότηση των ενεργειακών τους δικτύων, υποθαλάσσιων συνδέσεων, ανανεώσιμων πηγών ενέργειας (ΑΠΕ) κλπ. με βάση την αρχική πρόταση, ενώ με το βελτιωμένο κείμενο θα έχουν την δυνατότητα αυτή. Το ίδιο ισχύει και για ηπειρωτικές περιοχές που ανήκουν σε μια ευρύτερη οικονομικά ανεπτυγμένη περιφέρεια, όπως η Αττική.
Επίσης, εξασφαλίστηκε ότι η διαδικασία χορήγησης κρατικών επιδοτήσεων θα είναι πιο εύκολη, δηλαδή δεν θα απαιτείται η προέγκριση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, όχι μόνο για μικρές μονάδες ΑΠΕ (μέχρι 125 MW), αλλά και για μεγαλύτερες (250 MW). Αυτό σημαίνει ότι το κράτος θα μπορεί να παρέχει στήριξη στην επόμενη γενιά πιο αποτελεσματικών μονάδων παραγωγής ΑΠΕ. Έτσι προετοιμάζεται το έδαφος για την αναβάθμιση του ενεργειακού πάρκου της χώρας, με ιδιαίτερη έμφαση σε νεωτερικές τεχνολογίες που θα είναι πιο συμβατές με το περιβάλλον και την χωροταξία και έτσι θα μπορούν να γίνουν πιο εύκολα αποδεκτές από τις τοπικές κοινωνίες ή την κοινωνία των πολιτών.
