Ο κ. Μαρκοπουλιώτης, θα φέρει στον νέο του ρόλο την άριστη γνώση των θεσμικών οργάνων της ΕΕ την οποία έχει αποκτήσει στα τριάντα έτη σταδιοδρομίας του στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή, καθώς και ένα ευρύ δίκτυο επαφών με φορείς στην Ελλάδα.

Αφότου προσλήφθηκε στην Επιτροπή το 1987, ο κ. Μαρκοπουλιώτης υπηρέτησε σε σειρά συμβουλευτικών και διοικητικών θέσεων σε ευρύ φάσμα τομέων, όπως η περιφερειακή πολιτική, οι θαλάσσιες υποθέσεις, η απασχόληση, η αλιεία και η επικοινωνία. Επίσης, υπηρέτησε στα ιδιαίτερα γραφεία των επιτρόπων Bruce Millan και Monika Wulf-Mathies, αρμόδιων για τις περιφερειακές πολιτικές και το ταμείο συνοχής στις Επιτροπές Delors II και Santer, αντιστοίχως.

Κατά το διάστημα 2001-2006 διετέλεσε επικεφαλής της αντιπροσωπείας της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στην Ελλάδα, ενώ το 2006, αφού επέστρεψε στις Βρυξέλλες, διορίστηκε προϊστάμενος της μονάδας της Γενικής Διεύθυνσης Επικοινωνίας που είναι επιφορτισμένη με τον συντονισμό των αντιπροσωπειών στα κράτη μέλη. Από τον Φεβρουάριο του 2010 έως τον Δεκέμβριο του 2011 ο κ. Μαρκοπουλιώτης εργάστηκε ως επικεφαλής του ιδιαίτερου γραφείου της επιτρόπου κ. Μαρίας Δαμανάκη, η οποία ήταν αρμόδια για τις θαλάσσιες υποθέσεις και την αλιεία, ενώ από τον Μάρτιο του 2012 υπηρετεί ως επικεφαλής της αντιπροσωπείας της Επιτροπής στην Κύπρο.