Ωστόσο η κα.Μπακογιάννη άσκησε κριτική στον κ.Κοτζιά λέγοντας πως ήταν λάθος να παραχωρηθεί η εθνότητα "Μακεδόνας" και η μακεδονική γλώσσα, καθώς όπως σημείωσε σε αυτά τα σημεία βρίσκεται η ρίζα του αλυτρωτισμού, ο οποίος εκφράζεται και καταγράφεται με την λογική του ίλιντεν της μεγάλης Μακεδονίας και των σκόρπιων μακεδόνων που βρίσκονται σε ολόκληρη την Μακεδονική.

Ακόμη είπε πως αν η ΝΔ κληθεί να χειριστεί τη συμφωνία θα προχωρήσει σε επαναδιαπραγμάτευση στη βάση της σύνθετης ονομασίας και με επίκεντρο τον αλυτρωτισμό, καθώς όπως υπογράμμισε " Δεν μπορεί να γίνει διαφορετικά".