Ωστόσο, οι απουσίες από Ορθόδοξα Πατριαρχεία και Εκκλησίες, πλήττουν τον οικουμενικό χαρακτήρα της Συνόδου και φέρνουν στο επίκεντρο τη διελκυστίνδα Οικουμενικού Πατριαρχείου και Πατριαρχείου Μόσχας.

Το σύνολο της Ορθοδοξίας συγκροτούν 14 Πατριαρχεία και Αυτοκέφαλες Εκκλησίες (Οικουμενικό, Αλεξανδρείας, Αντιοχείας, Ιεροσολύμων, Ρωσίας, Ρουμανίας, Σερβίας, Βουλγαρίας, Γεωργίας, Κύπρου, Ελλάδος, Αλβανίας, Πολωνίας, Τσεχίας και Σλοβακίας), εκ των οποίων από τη Σύνοδο θα απουσιάσουν τα Πατριαρχεία Αντιοχείας, Ρωσίας, Σερβίας, Βουλγαρίας, Γεωργίας.

Παρατηρητές αναφέρουν ότι ο βασικός λόγος της απουσίας είναι οι διαμάχες για την πρωτοκαθεδρία των Προκαθημένων, χωρίς να αποσιωπάται η προσπάθεια ορισμένων Εκκλησιών να χρησιμοποιήσουν τη Σύνοδο ως μέσο εξωτερικής πολιτικής και πολιτικών επιδιώξεων.

Σύμφωνα με τον Κανονισμό της Σύναξης των Προκαθημένων –ψηφίσθηκε στη Σύναξη των Προκαθημένων των Ορθοδόξων Αυτοκέφαλων Εκκλησιών στο Chambésy της Γενεύης, τον περασμένο Γενάρη–, πλην των Προκαθημένων, στη Σύνοδο θα πάρουν μέρος από κάθε Πατριαρχείο και Εκκλησία έως 23 αρχιερείς, έξι κληρικοί, μοναχοί και λαϊκοί, και τρία βοηθητικά στελέχη.

Κατά την έναρξη αλλά και κατά τη λήξη της Συνόδου θα πάρουν μέρος ως παρατηρητές εκπρόσωποι της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας και των άλλων χριστιανικών ομολογιών.

Πρόεδρος θα είναι ο Οικουμενικός Πατριάρχης κ.κ. Βαρθολομαίος.