Οι πραξικοπηματίες διορίζουν στην θέση του ανατραπέντος Μακαρίου τον Νικόλαο Σαμψών, βουλευτή Αμμοχώστου, εκδότη-δημοσιογράφο, ο οποίος τα πρώτα χρόνια της κυπριακής ανεξαρτησίας ήταν φανατικός υποστηρικτής του Μακαρίου για να μεταπηδήσει στην συνέχεια στην διάρκεια της δικτατορίας στο αντι-μακαριακό στρατόπεδο.
Ο Μακάριος διαφεύγει στην Πάφο και από εκεί (με την βοήθεια της Αγγλίας) μέσω Μάλτας και Λονδίνου φθάνει στην Νέα Υόρκη, όπου στις 19 Ιουλίου μιλάει ενώπιον του Συμβουλίου Ασφαλείας του ΟΗΕ το οποίο καλεί να επέμβει για να αποκατασταθεί η συνταγματική νομιμότητα που είχε καταλυθεί από την εισβολή (έτσι χαρακτηρίζει το πραξικόπημα).
Στο σημείο αυτό πρέπει να επισημάνουμε ότι η συγκεκριμένη ομιλία του Μακαρίου χαρακτηρίζεται «προδοτική» από ακροδεξιούς εθνικιστές, υποστηρικτές του πραξικοπήματος και του στρατιωτικού καθεστώτος. Όντως στην συγκεκριμένη ομιλία υπάρχουν αρκετά σημεία που τα μετέπειτα χρόνια χρησιμοποιήθηκαν από την τουρκική προπαγάνδα για να «νομιμοποιήσουν» την εισβολή. Όμως την ώρα που ο Μακάριος μιλάει στον ΟΗΕ, στην Νέα Υόρκη είναι βράδυ της 19ης Ιουλίου αλλά στην Κύπρο ξημερώνει η 20η Ιουλίου και τα τουρκικά αποβατικά σκάφη βρίσκονταν ήδη στα ανοιχτά της Κυρήνειας. Έχει ήδη αρχίσει η Τουρκική απόβαση την οποία ο Τούρκος πρωθυπουργός Μπουλέντ Ετζεβίτ χαρακτηρίζει νόμιμο δικαίωμα της εγγυήτριας δύναμης που γίνεται για να προστατευθούν τα δικαιώματα των Τουρκοκυπρίων που κινδυνεύουν από την κατάλυση της συνταγματικής τάξης.
Η ΝΑΤΟ-ικης έμπνευσης συμφωνίες της Ζυρίχης (11 Φεβρουαρίου 1959) και του Λονδίνου (19 Φεβρουαρίου 1959) με τις οποίες καθορίσθηκε το συνταγματικό καθεστώς της νέο-ιδρυθείσης Κυπριακής δημοκρατίας δεν έγιναν αποδεκτές
- Ούτε στην Ελλάδα όπου το τυχοδιωκτικό εθνικιστικό όραμα της Ένωσης της Κύπρου με την Ελλάδα της μετεμφυλιοπολεμικής αντι-κομμουνιστικής δεξιάς ναυάγησε αφού με τις συμφωνίες παραχωρούνταν ο ρόλος της εγγυήτριας δύναμης στη Τουρκία και status ισοτιμίας στην Τουρκοκυπριακή κοινότητα (δικαίωμα veto στις κρίσιμες πολιτικές αποφάσεις)
- Ούτε στη Τουρκία αφού δεν επιτεύχθηκε ο στόχος της διχοτόμησης και της ένωσης του Τουρκοκυπριακού τμήματος με την Τουρκία.
Το 1961 ιδρύεται η Ελληνοκυπριακή παρακρατική-παραστρατιωτική οργάνωση ΑΚΡΙΤΑΣ. Η οργάνωση επανδρώνεται από παλαιά στελέχη και μαχητές της ΕΟΚΑ. Αρχηγός της οργάνωσης είναι ο Υπουργός Εσωτερικών Πολύκαρπος Γεωρκάτζης και Υπαρχηγός ο Υπουργός Εργασίας-Κοινωνικών Ασφαλίσεων, Τάσος Παπαδόπουλος (Πρόεδρος Δημοκρατίας 2003-2008).
Ένοπλες συνιστώσες της οργάνωσης είναι οι ομάδες του σοσιαλιστή ηγέτη της Ε.Δ.Ε.Κ και προσωπικού γιατρού του Μακαρίου, Βάσου Λυσσαρίδη και της Οργάνωσης Προστασίας Ελλήνων Κύπρου του ήρωα του απελευθερωτικού αγώνα και φανατικού υποστηρικτή του Μακαρίου εκείνη την εποχή του Νικολάου Σαμψών. Στρατηγικός στόχος της οργάνωσης είναι η ένωση της Κύπρου με την Ελλάδα και τακτικός η καταστολή της αντίδρασης των Τουρκοκυπρίων.
Η Ελληνοκυπριακή πλευρά έχει αποδεχθεί την ύπαρξη και την δράση της οργάνωσης ΑΚΡΙΤΑΣ, αποκλειστικά ως αντίβαρο στην δράση της παρακρατικής-παραστρατιωτικής Τουρκοκυπριακής Τ.Μ.Τ (Turk Mukavemet Teskilati-Τουρκική Οργάνωση Αντίστασης). Δεν έχει όμως αποδεχθεί ότι αυτή δρούσε με την έγκριση και ενίσχυση η έστω την ανοχή του Μακαρίου. Όμως μέχρι σήμερα δεν έχει απαντήσει πειστικά για το γεγονός ότι βασικοί υπουργοί και συνεργάτες του Αρχιεπισκόπου υπήρξαν ηγέτες και μαχητικά στελέχη της οργάνωσης.
Στα τέλη Νοεμβρίου 1963 η κατάσταση την Κύπρο είναι έκρυθμη. Ο Μακάριος προτείνει αναθεώρηση (13 Σημεία) του συντάγματος που είχαν διαμορφώσει οι συμφωνίες της Ζυρίχης-Λονδίνου. Κεντρικός στόχος να περιορίσει (στην ουσία να καταργήσει) πολλά από τα δικαιώματα των Τουρκοκυπρίων. Η Τουρκία απορρίπτει τις προτάσεις του Μακαρίου και προειδοποιεί ότι θα επέμβει στρατιωτικά σε περίπτωση μονομερούς αναθεώρησης.
Αμέσως μετά την Τουρκική άρνηση, ένοπλοι της οργάνωσης ΑΚΡΙΤΑΣ βγαίνουν στους δρόμους και αρχίζουν να εκτελούν αστυνομικά καθήκοντα ελέγχοντας ταυτότητες και αυτοκίνητα Τουρκοκυπρίων. Η ένταση μεταξύ των δύο κοινοτήτων κλιμακώνεται. Στις 21 Δεκεμβρίου με αφορμή αιματηρό επεισόδιο ποινικού χαρακτήρα μεταξύ αστυνομικών και Τουρκοκύπριων στην κακόφημη συνοικία της Λευκωσίας ξεκινούν ένοπλες συγκρούσεις μεταξύ των δύο κοινοτήτων σε αρκετές πόλεις της Κύπρου.
Στο σημείο αυτό πρέπει να τονίσουμε ότι οι δυνάμεις της ΤΟΥΡ.ΔΥ.Κ βγήκαν από τα στρατόπεδα τους και πολέμησαν στο πλάι των ενόπλων παρακρατικών της Τ.Μ.Τ σε αντίθεση με τις δυνάμεις της ΕΛ.ΔΥ.Κ η οποία με εντολή της κυβέρνησης Γ.Παπανδρέου παρέμειναν στους στρατώνες και δεν αναμείχθηκαν στις συγκρούσεις.
Κεντρικό μέτωπο των συγκρούσεων είναι το προάστιο Ομορφίτα της Λευκωσίας απ’ όπου οι ένοπλοι της Τ.Μ.Τ εκδιώκουν τους Ελληνοκύπριος κατοίκους. Η ένοπλη ομάδα του Ν. Σαμψών αντεπιτίθεται και εκκαθαρίζει το προάστιο από τους Τουρκοκύπριους. Οι απώλειες μεταξύ των Τουρκοκυπρίων αμάχων είναι μεγάλες. Οι Ελληνοκύπριοι αποθεώνουν τον Ν. Σαμψών ενώ οι Τούρκοι τον αποκαλούν «Ο χασάπης της Ομορφίτας».
Ο μετέπειτα Πρόεδρος της Κυπριακής δημοκρατίας Γλαύκος Κληρίδης ένας κατά κοινή ομολογία μετριοπαθής άνθρωπος γράφει στα απομνημονεύματα του
- «Πράξεις κτηνωδίας διαπράχθηκαν από ένοπλους παραστρατιωτικούς και των δύο πλευρών. Είναι αλήθεια ότι από μερικούς Ελληνοκυπρίους έγιναν πράξεις κτηνωδίας και αδιαφορίας για την ανθρώπινη ζωή».
Ο Δ. Μπίτσιος , πρέσβης της Ελλάδας στον ΟΗΕ εκείνη την περίοδο και Υπουργός Εξωτερικών στις μετά - δικτατορικές κυβερνήσεις Κ. Καραμανλή δηλώνει
- «Έγιναν αξιοθρήνητα πράγματα που βαρύνουν και τις δύο πλευρές»
Ο Πλουτής Σέρβας, αριστερός διανοούμενος, ιδρυτικό μέλος και πρώτος γραμματέας (1941-1945) του κομμουνιστικού κόμματος Κύπρου (Α.Κ.Ε.Λ) γλαφυρότατα αναφέρει
- «Για επτά ημέρες άγριες μάχες διεξάγονταν στις τουρκικές συνοικίες. Η αφροσύνη δέσποζε παντού σε πλήρη συνάρτηση με τις ωμότητες. Ο Σαμψών κατακρεουργεί γυναικόπαιδα και γέροντες στην Ομορφίτα και οι Τούρκοι βάρβαροι εξοντώνουν τους Ελληνοκυπρίους στην Τόχνη. Επιστρέφουν στην συνέχεια ο καθένας θριαμβευτικά στις βάσεις του, ενώ το φανατισμένα πλήθη και των δύο παρατάξεων, ωρυόμενα στρώνουν δάφνες και μερσίνα για να περάσουν οι χασάπηδες-ήρωες.»
Η χάραξη της «πράσινης γραμμής» στην Λευκωσία στις 30 Δεκεμβρίου που διαχωρίζει τις δύο κοινότητες της πόλης είναι σχηματικά η ταφόπλακα της Κυπριακής δημοκρατίας όπως την είχαν διαμορφώσει οι συμφωνίες της Ζυρίχης και του Λονδίνου. Έως τότε οι δύο κοινότητες συνυπήρχαν και ζούσαν μαζί. Μετά από τα επεισόδια διαχωρίστηκαν σε Ελληνοκυπριακές περιοχές και Τουρκοκυπριακούς θύλακες. Μοιραία κατάληξη αυτού του διχασμού ήταν η de facto διχοτόμηση που επέβαλε μετά από 11 χρόνια η Τουρκική εισβολή που προκάλεσε το πραξικόπημα της 15 Ιουλίου 1974.
Ο Μακάριος είχε συνταγματικό καθήκον να υπερασπιστεί το πολίτευμα που ανέλαβε να υπηρετήσει και όχι να το αμφισβητεί δημόσια, δηλώνοντας «Η ανεξαρτησία είναι το πρώτο βήμα για την ένωση».
Ο Αρχιεπίσκοπος αντί να ανέχεται και να συμπορεύεται με τα εθνικιστικά τυχοδιωκτικά στοιχεία της οργάνωσης ΑΚΡΙΤΑΣ είχε την συνταγματική υποχρέωση να επιβάλει το κράτος δικαίου και να καταστείλει την εγκληματική δράση του κυπριακού παραρτήματος των Γκρίζων Λύκων, της Τ.Μ.Τ που πριν τα επεισόδια των Χριστουγέννων 1963 τρομοκρατούσε κυρίως Τουρκοκύπριους που εργάζονταν για την άμβλυνση των εθνοτικών διαφορών και την εμπέδωση κλίματος ειρηνικής συνύπαρξης και συνεργασίας μεταξύ των δύο κοινοτήτων.
Εκείνη την εποχή οι ειδήσεις για τις πολύνεκρες συγκρούσεις μεταξύ Καθολικών-Προτεσταντών στο Μπέλφαστ της Ιρλανδίας κυριαρχούσαν στην διεθνή θεματογραφία. Για λίγες ημέρες με πολιτική ευθύνη του Μακαρίου η Λευκωσία μετατράπηκε σε Μπέλφαστ.