Μπορεί Merkel και Juncker να προέρχονται από την ίδια κεντροδεξιά ομάδα, ωστόσο ο Juncker δεν τυγχάνει της στήριξης πολλών στη Γερμανία. 

Εάν στις Ευρωεκλογές του 2014 έχουν πλειοψηφία οι σοσιαλιστές, η Merkel ίσως αναγκαστεί να στηρίξει τον Martin Schulz, τωρινό Πρόεδρο της Ευρωβουλής, για την Προεδρία της Κομισιόν.

Το «βαρύ» παρελθόν Μέρκελ -Γιούνκερ

Η ιστορία μεταξύ Γιούνκερ και Μέρκελ χρονολογείται από τότε που η τελευταία ήταν ακόμη στην αντιπολίτευση. Τότε, βίωσε την πολύ στενή συνεργασία μεταξύ του Γιούνκερ και του πρώην σοσιαλιστή καγκελάριου, Γκέρχαρντ Σρέντερ.

Το αποκορύφωμα της αμοιβαίας εμπιστοσύνης μεταξύ Juncker και Schröder και παράλληλα της αμοιβαίας δυσπιστίας στις σχέσεις Γιούνκερ και Μέρκελ ήταν η Σύνοδος Κορυφής για την πολιτική ασφάλειας στις αρχές του 2003. Η εν λόγω συνάντηση ονομάστηκε «σύνοδος της πραλίνας», αφού τέσσερις Ευρωπαίοι ηγέτες (Σρέντερ της Γερμανίας, Ζακ Σιράκ της Γαλλίας, Γκι Φερχόφσταντ  του Βελγίου και Ζαν Κλοντ Γιούνκερ του Λουξεμβούργου), συναντήθηκαν στο προάστιο των Βρυξελλών που παράγει σοκολάτα.

Η συζήτηση επικεντρώθηκε σε μια άκρως αμφιλεγόμενη πρόταση για μια Ευρωπαϊκή Ένωση Άμυνας και Ασφάλειας. Η συμμετοχή σε αυτή κατέστη εφικτή μόνο στις χώρες της ΕΕ που ήταν σε σοβαρό βαθμό έτοιμες να συνεργαστούν σε θέματα πολιτικής άμυνας.

Η Μέρκελ όμως εξοργίστηκε με τον Γιούνκερ, ο οποίος δεν ενημέρωσε το κόμμα της (Χριστιανοδημοκρατική Ένωση) για το ζήτημα, παρά το γεγονός ότι πολιτικά ανήκαν στην ίδια οικογένεια με το κόμμα του Γιούνκερ (Χριστιανικό Κοινωνικό Λαϊκό Κόμμα). Η Γερμανίδα θεωρούσε υψίστης σημασίας τα ζητήματα άμυνας για τη Γερμανία.

Κατά τις τελευταίες Ευρωεκλογές του 2009, η ένταση μεταξύ Βερολίνου και Juncker έγινε ακόμη πιο εμφανής. Αντί τον βετεράνο Γιούνκερ, επιλέχθηκε ο σχετικά άγνωστος εκείνη την εποχή Χέρμαν βαν Ρομπάι για την Προεδρία του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου.