Το ΤΑΠΙΛΤΑΤ αποτελεί ένα επικουρικό ταμείο ιδιωτικού δικαίου το οποίο ελέγχεται από τους εργαζομένους. Ήδη, η Tράπεζα Πειραιώς ζητάει την υπαγωγή των εργαζομένων της στο ΕΤΑΤ και για το σκέλος του ΤΑΠΙΛΤΑΤ, ενώ παράλληλα, ο σύλλογος εργαζομένων της Alpha καταγγέλλει για κακοδιαχείριση και προσφεύγει στην δικαιοσύνη. Η πλευρά της Alpha σε πολυσέλιδη μηνυτήρια αναφορά της καταγγέλλει ατασθαλίες, κακοδιαχείριση που ζημιώνουν το ΤΑΠΙΛΤΑΤ. Μάλιστα αναφέρει ότι υπήρξε ζημιά ύψους 10,010 εκατ. ευρώ μόνο για το 2005 από επενδύσεις. Επίσης, ο σύλλογος της Alpha τονίζει ότι η Eurobank ευνοείται από το ΤΑΠΙΛΤΑΤ, αφού οι συναλλαγές με την Alpha ανέρχονται σε 98,28 εκατ. ευρώ έναντι 981,6 εκατ. ευρώ με την Eurobank. Σημειώνεται ότι η Alpha διαθέτει 3 από τα 9 μέλη του δ.σ. του ταμείου τα οποία όμως έχουν αποστασιοποιηθεί από το σύλλογο της Alpha. Η διοίκηση του ΤΑΠΙΛΤΑΤ καταφεύγει επίσης στη δικαιοσύνη κατηγορώντας το σύλλογο της Alpha για συκοφαντική δυσφήμιση. Πάντως, όπως έχει εξελιχθεί η κατάσταση απαιτείται άμεση παρέμβαση της δικαιοσύνης καθώς πρόκειται για περιουσία ταμείου και μάλιστα ιδιωτικού δικαίου και προέχει η προστασία των συμφερόντων των εργαζομένων. Επίτροπος στο ΤΑΠΙΛΤΑΤ; Σύμφωνα με ορισμένες πηγές, είναι πολύ πιθανό το ελληνικό δημόσιο μέσω του υπουργείου Οικονομίας να προχωρήσει στην εγκαθίδρυση επιτρόπου, καθαιρώντας την τωρινή διοίκηση, η θητεία της οποία σημειωτέον έχει λήξει. Μια τέτοια εξέλιξη θα μπορούσε να οδηγήσει στη διάλυση του ΤΑΠΙΛΤΑΤ με επακόλουθο την κατανομή των πλεονασμάτων συνολικά 402 εκατ. ευρώ στις τράπεζες μέλη του ΤΑΠΙΛΤΑΤ καθώς έως τώρα είναι αδύνατη η κατάργηση του ταμείου και η κατανομή των πλεονασμάτων στις τράπεζες. Σημειώνεται ότι μέλη είναι η Alpha μέσω Ιονικής, η Eurobank μέσω της Εργασίας, Αθηνών και Κρήτης, η Πειραιώς μέσω της ιδίας και της Μακεδονίας – Θράκης, η Εθνική μέσω Εθνοκάρτας, ΕΤΕΒΑ και Στεγαστικής, η Εγνατία η Emporiki - Επενδύσεων, η Chicago και η Αραβοελληνική. Η Alpha Bank, αν το ΤΑΠΙΛΤΑΤ τμηματοποιούνταν και κατανέμονταν στις τράπεζες, θα λάμβανε 23 εκατ. ευρώ, ωστόσο, επειδή είναι η μόνη τράπεζα με τις μεγαλύτερες εισφορές, το τελικό πλεόνασμα εμφανίζει μείωση σε σχέση με τις υπόλοιπες τράπεζες. Μάλιστα, αν μεταβληθεί η μεθοδολογία τα 23 εκατ. ευρώ της Alpha μπορούν να φθάσουν έως και τα 80 εκατ. ευρώ. Η Eurobank δυνητικά μπορεί να λάβει έως και 165 εκατ. ευρώ. Η Πειραιώς 65 εκατ. ευρώ και η Εθνική Τράπεζα 34 εκατ. ευρώ. Η Εγνατία θα λάμβανε 28 εκατ. ευρώ και η Τράπεζα Αττικής 26 εκατ. ευρώ με βάση ορισμένες αναπροσαρμογές με στοιχεία του 2005. Η υπόγεια κόντρα Αυτή την περίοδο μαίνεται ένας υπόγειος πόλεμος μεταξύ των τραπεζών που περιλαμβάνει και το ΤΑΠΙΛΤΑΤ. Οι σχέσεις των διοικήσεων πέραν από τους τύπους που ακολουθούνται, δεν είναι ιδιαίτερα θετικές. Π.χ. η Eurobank κατηγορούσε την Alpha ότι υποκινεί την φημολογία περί στρατηγικών κινήσεων Λάτση. Η Alpha δεν αντιμετωπίζει με ιδιαίτερα θετική ματιά την ταχεία ανάπτυξη της Πειραιώς, ενώ η Πειραιώς μάλλον θεωρεί την Alpha εμπόδιο στα σχέδια της. Παραδόξως, όμως, το τελευταίο διάστημα λόγω κοινών συμφερόντων οι τραπεζίτες εμφανίζονται με κοινή γραμμή π.χ. στο ωράριο και εσχάτως και στο ΤΑΠΙΛΤΑΤ. Η Alpha δεσμεύει 35 εκατ. ευρώ Το ΤΑΠΙΛΤΑΤ έχει επενδύσει σε ομόλογα και μετοχές περί τα 260 εκατ. ευρώ ενώ περίπου 35 εκατ. ευρώ αποτελούν την τρέχουσα ρευστότητα του ταμείου και είχαν κατατεθεί στην Alpha. Το ΤΑΠΙΛΤΑΤ στις 22 Δεκεμβρίου του 2005 ζήτησε προσφορές από τις τράπεζες για να τα καταθέσει σε προνομιακό λογαριασμό. Σε αυτή τη δημοπρασία, η Alpha δεν πλειοδότησε και το διαγωνισμό κέρδισε η Αττικής. Μέρες αργότερα, η Alpha απαγόρευσε την εκταμίευση των 35 εκατ. ευρώ που υπήρχαν στις καταθέσεις της και ενημέρωσε την διοίκηση του ΤΑΠΙΛΤΑΤ ότι τα 35 εκατ. ευρώ έχουν κατατεθεί σε λογαριασμό Alpha 500 και δικαιολόγησε ότι δέσμευσε τα κεφάλαια επειδή η θητεία της διοίκησης είχε λήξει. Στις 8 Φεβρουαρίου, με δικαστική απόφαση αναγνωρίζεται στη διοίκηση του ΤΑΠΙΛΤΑ