Στις αρχές της δεκαετίας του '90 ξεκίνησε πρόγραμμα περικοπών εξόδων το οποίο είχε ως αποτέλεσμα να "κλείσει" με κέρδη ύψους 13 εκατ. κυπριακών λιρών το 1994.
Στο μεταξύ, η εταιρεία είχε αρχίσει να επεκτείνει τη δραστηριότητά της ιδρύοντας την Eurocypria το 1992, η οποία εκτελούσε κυρίως ναυλωμένες πτήσεις για την μετακίνηση τουριστών από την Ευρώπη προς την Κύπρο. Στις αρχές του 2000, η εταιρεία προχωρά σε γενναίο πρόγραμμα ανανέωσης του στόλου της. Το 2002 το κυπριακό δημόσιο περιορίζει το ποσοστό του στην εταιρεία στο 69,62%, από 80,46% που διατηρούσε μέχρι τότε. Ενα χρόνο αργότερα ιδρύει την Hellas Jet με βάση την Αθήνα, εταιρεία που δεν έβγαλε κέρδη ποτέ. Οι Κυπριακές Αερογραμμές διατήρησαν το 75% της Hellas Jet μέχρι το 2005, οπότε και πωλήθηκε το σύνολο των μετοχών της στην Air Miles.
Τα σοβαρά οικονομικά προβλήματα της εταιρείας οδήγησαν την Κυπριακή κυβέρνηση στην απόφαση να αγοράσει την Eurocypria από την Cyprus Airways. Σύμφωνα με τα οικονομικά αποτελέσματα της εταιρείας, οι λειτουργικές της ζημιές διαμορφώθηκαν στα 4,9 εκατ. ευρώ το 2010, από 5,4 εκατ. ευρώ το 2009. Τα αποτελέσματα του πρώτου εξαμήνου του 2011 έδειξαν εκτόξευση των ζημιών στα 29,3 εκατ. ευρώ, από 25,5 εκατ. ευρώ το αντίστοιχο διάστημα του 2010.
Οι πρώτες ανησυχίες
Τα σοβαρά οικονομικά προβλήματα της εταιρείας ξεκίνησαν περίπου το 2010, με αποτέλεσμα να αποφασίσει να προχωρήσει σε αύξηση του μετοχικού της κεφαλαίου και το δημόσιο πούλησε μεγάλο μέρος του μετοχικού της κεφαλαίου. Τότε ήρθαν και οι πρώτες συζητήσεις περί εξαγοράς της εταιρείας αρχικώς από την Aeroflot και τον Μάιο του 2012 από την Triple Five Group. Καμία από τις δύο δεν εταιρείες δεν επένδυσαν τελικώς στον εθνικό αερομεταφορέα της Κύπρου.
Αναστολή διαπραγμάτευσης της μετοχής και η έρευνα της ΕΕ
Τον Ιούνιο του 2012 ανεστάλη η διαπραγμάτευση της μετοχής των Κυπριακών Αερογραμμών από το χρηματιστήριο, λόγω καθυστέρησης στην υποβολή των οικονομικών της καταστάσεων. Με επιστολή της προς το χρηματιστήριο η αεροπορική εταιρεία ανακοίνωσε ζημιές μετά φόρων για το 2012 ύψους 55,8 εκατ. ευρώ έναντι 23,9 εκατ. ευρώ το 2011.
Ακολούθησε η παρέμβαση της ΕΕ η οποία ανακοίνωσε στις 6 Μαρτίου 2013 ότι ξεκινά έρευνα για το ενδεχόμενο παράνομων κρατικών ενισχύσεων προς την αεροπορική εταιρεία. Η έρευνα αφορά στο δάνειο της κυβέρνησης προς τις Κυπριακές Αερογραμμές ύψους 73 εκατ. ευρώ που δόθηκε τον Δεκέμβριο του 2012, αλλά και την συνεισφορά με 31,3 εκατ. ευρώ στην ΑΜΚ που πραγματοποιήθηκε τον Ιανουάριο του 2013. Η συγκεκριμένη απόφαση της ΕΕ όταν τελικώς εκδοθεί, πρόκειται να καθορίσει και το μέλλον της εταιρείας.
Τον Μάρτιο του 2014, η εταιρεία προχώρησε στην πώληση της χρονοθυρίδας της (slot) στο Λονδίνο στην Middle East Airlines έναντι 6,3 εκατ. ευρώ. Αυτή τη στιγμή το Κυπριακό Δημόσιο διατηρεί το 93,67% της εταιρείας με το υπόλοιπο 6,33% να ανήκει σε ιδιώτες μετόχους.
Ο στόλος και το δίκτυο
Ο στόλος των Κυπριακών Αερογραμμών αποτελείται από έξι αεροσκάφη τύπου Airbus A320-200 (από τον Οκτώβριο του 20123), που εκτελούν πτήσεις προς 13 προορισμούς (Λάρνακα προς Αθήνα, Θεσσαλονίκη, Ηράκλειο, Χίθροου, Μόσχα, Αμστρνταμ, Φρανκφούρτη, Μόναχο, Παρίσι, Σόφια, Ζυρίχη, Βυρηττός, Τελ Αβίβ) σε 12 χώρες. Διατηρεί συμφωνίες εκτέλεσης πτήσεων κοινού κωδικού με τις Aeroflot, Virgin Atlantic, Middle East Airlines, TAROM, Gulf Air, Etihad Airways, Bulgaria Air, Air France.
Χαρά Αυγερινού