Σύμφωνα με το υπουργείο Οικονομικών της Κύπρου, ο λογαριασμός από τη λειτουργία της εταιρείας είναι ήδη μεγάλος και θα μεγάλωνε κι άλλο αν η εταιρεία δεν έκλεινε. Από την φιλελευθεροποίηση της αγοράς το 2004 η εταιρεία συσσώρευσε ζημιές 194 εκατ. ευρώ και δεν κατάφερε να μειώσει το κοστολόγιό της με τον ίδιο ρυθμό που έχανε έσοδα.
Αν και η εταιρεία δεν εξέδωσε ισολογισμούς για το 2013 ή το 2014, το υπουργείο Οικονομικών υπολογίζει ότι δεν έχει πλέον παρά ελάχιστα περιουσιακά στοιχεία για να επιστρέψει τις ενισχύσεις που έλαβε. Τα τελευταία χρόνια πώλησε τα αεροπλάνα της, τα ακίνητα, κάποιες από τις θυγατρικές και τις σημαντικές χρονοθυρίδες για να διατηρηθεί στη ζωή. Τελευταία πράξη ήταν η πώληση του λογότυπου στην κυβέρνηση έναντι 1,2 εκατ. ευρώ.
Μία σημαντική επιβάρυνση για τους φορολογούμενους είναι το δάνειο που είχε λάβει από την Ελληνική Τράπεζα με κρατική εγγύηση. Το δάνειο έχει μειωθεί στα 18 εκατ. ευρώ. Υπάρχει, επίσης, το κόστος αποζημίωσης όσων είχαν εισιτήρια με τις Κυπριακές Αερογραμμές. Ο υπουργός Οικονομικών εκτιμά ότι δεν θα ξεπεράσει την αποζημίωση που θα λάμβαναν οι ΚΑ το 2014 λόγω του τουρκικού εμπάργκο, κάπου 3 εκατ. ευρώ ετησίως.
Η κυβέρνηση έχει αναλάβει επίσης να καλύψει και το έλλειμμα του ταμείου πρόνοιας των εργαζομένων, πλην των πιλότων που έχουν δικό τους, το οποίο ανερχόταν στα 14 εκατ. ευρώ. Μέρος του καλύφθηκε από την πώληση της χρονοθυρίδας στο Heathrow. Η εταιρεία οφείλει επιπρόσθετα περίπου άλλα 2 εκατ. σε διάφορους άλλους πιστωτές. Οι ΚΑ απασχολούσαν 560 άτομα. Πρόκειται για 62 πιλότους, 130 αεροσυνοδούς, 67 υπαλλήλους στο τμήμα τροφοδοσίας, 75 μηχανικούς και 226 άτομα τα οποία εργάζονταν στη διοίκηση, στο λογιστήριο, στην έκδοση εισιτηρίων καθώς και σε άλλες υπηρεσίες γραφείου.
Σύμφωνα με το υπουργείο Οικονομικών, τα περιουσιακά στοιχεία των ΚΑ περιορίζονται σε ένα αεροπλάνο και στο 25% των μετοχών της Swissport. Τα υπόλοιπα πέντε αεροσκάφη τα έχουν ήδη πάρει οι ιδιοκτήτριες εταιρείες που τα ενοικίαζαν στις ΚΑ.
Εξάλλου, ζήτημα φαίνεται να δημιουργείται από την ρύθμιση που έκανε η κυπριακή κυβέρνηση, αναθέτοντας στο γραφείο Top Kinisis Travel Public την διαχείριση του επιβατικού κοινού, που κατέχει εισιτήρια των Κυπριακών Αερογραμμών για τις πρώτες 30 μέρες από την ημερομηνία διακοπής του πτητικού προγράμματος των ΚΑ. Η εξήγηση που δόθηκε για την επιλογή του συγκεκριμένου γραφείου είναι ότι πρόκειται για το μόνο "που μπορεί να έχει άμεση πρόσβαση σε πραγματικό χρόνο στο σύστημα κρατήσεων που χρησιμοποιούν οι Κυπριακές Αερογραμμές". Ταξιδιωτικοί πράκτορες αναφέρουν ότι το σύστημα κράτησης εισιτηρίων είναι το SABER. Αυτό το έχουν πολλά γραφεία στην Κύπρο με άδεια IATA. Την εγκατάσταση του συστήματος την έκαναν οι ΚΑ μέσω της εταιρείας ΖΗΝΩΝ.
Επίσης, η κυβέρνηση υποστήριξε ότι Γενικός Αντιπρόσωπος των ΚΑ στην Ελλάδα είναι η Top Kinisis Travel Public. Οι ταξιδιωτικοί πράκτορες το αντικρούουν, υποστηρίζοντας ότι ο Γενικός Αντιπρόσωπος είναι το Top Kinisis Ελλάδος, δηλαδή άλλη εταιρεία εγγεγραμμένη στην Ελλάδα.
Σύμφωνα με πληροφορίες, το 2013 ο διεθνής οργανισμός ΙΑΤΑ αφαίρεσε από το Top Kinisis την άδεια να εκδίδει εισιτήρια, λόγω μη πληρωμής προς τις αεροπορικές εταιρείες μεγάλου χρηματικού ποσού. Τα θέματα αυτά έθεσε το ΑΠΕ-ΜΠΕ στην Γενική Λογίστρια και στον κυβερνητικό εκπρόσωπο, αλλά επί του παρόντος δεν έλαβε απάντηση.