Τη συνεργασία της με την Brussels Airlines ανακοίνωσε η Aegean Airlines, με την οποία θα εκτελούν πτήσεις με κοινό κωδικό στο πλαίσιο των δικτύων τους προσφέροντας έτσι προνόμια στους επιβάτες τους. Η συνεργασία ξεκινά τον Ιανουάριου 2009, όπου η Brussels θα ξεκινήσει καθημερινή πτήση Βρυξέλλες - Αθήνα και το καλοκαίρι η Aegean θα ξεκινήσει και αυτή καθημερινή πτήση.