Σημειώνεται ότι το Σύστημα Εμπορίας Ρύπων υποχρεώνει εργοστάσια, σταθμούς παραγωγής ενέργειας και αεροπορικές να πληρώσουν για τη ρύπανση που προκαλούν. Το μέτρο, αν τελικά τεθεί σε πλήρη εφαρμογή στη Ναυτιλία, θα αφορά τις εκπομπές ρύπων όλων των ταξιδιών εντός των υδάτων του ευρωπαϊκού μπλοκ, αλλά και εκπομπές ταξιδιών εκτός αυτών. 

Η Κομισιόν αναμένεται να ανακοινώσει τις προτάσεις για την εφαρμογή του ETS τον προσεχή Ιούνιο, με κορυφαίους ναυτιλιακούς φορείς να έχουν διατυπώσει ενστάσεις για τις διαδικασίες, κάνοντας λόγο για μονομερείς ενέργειες εκ μέρους των Βρυξελλών, οι οποίες αντιβαίνουν το διεθνή χαρακτήρα της Ναυτιλίας.

Οι εκπρόσωποι της ναυτιλιακής κοινότητας ανησυχούν ότι το μέτρο της ΕΕ θα υπονομεύσει τις πρωτοβουλίες απανθρακοποίησης που λαμβάνει ο Διεθνής Ναυτιλιακός Οργανισμός (IMO).

Η Bimco, για παράδειγμα, της οποίας τα μέλη ελέγχουν σχεδόν τα δύο τρίτα της παγκόσμιας χωρητικότητας, θα προτιμούσαν μία συνεργασία ανάμεσα στην ΕΕ και τον IMO για την προώθηση ενός διεθνούς μέτρου, βασισμένου στην αγορά, το οποίο θα εξασφαλίζει ότι η Ναυτιλία μπορεί να λειτουργεί επί ίσοις όροις σε παγκόσμιο επίπεδο. Σύμφωνα με την Ένωση, μία περιφερειακή πρωτοβουλία - όπως το ETS - ίσως «πυροδοτήσει» πολιτικές εντάσεις με τρίτες χώρες και διαφωνίες από μεγάλους εμπορικούς εταίρους.

«Αν η ΕΕ εφαρμόσει το περιφερειακό ETS, η Ναυτιλία θα κινδυνεύσει να βρεθεί αντιμέτωπη με πολλαπλά τέτοια συστήματα σε διάφορες περιοχές, κάτι που θα καταστήσει ανέφικτο ένα μέτρο παγκόσμιας ισχύος» τόνισε ο Γενικός Γραμματέας της BIMCO, David Loosley.

Άλλες ναυτιλιακές ενώσεις, όπως το Διεθνές Ναυτιλιακό Επιμελητήριο (ICS) και η Ένωση Εφοπλιστών της Ευρωπαϊκής Κοινότητας (ECSA), ανησυχούν ότι το ETS όχι μόνο θα πλήξει τις δράσεις του IMO, αλλά θα υποβαθμίσει και την ανταγωνιστικότητα των Ευρωπαίων πλοιοκτητών.