Το ευρωπαϊκό όργανο τονίζει ότι το Ολοκληρωμένο Σύστημα Διαχείρισης και Ελέγχου (SIGC) στην Ελλάδα, συνεχίζει να μην είναι σε θέση να εξασφαλίσει τη νομιμότητα και τη σωστή απονομή των πληρωμών που έχουν σχέση με τις ενισχύσεις για αγρούς και ζώα. Σύμφωνα με την ίδια έκθεση αυτό οφείλεται πρώτον στο γεγονός ότι οι αγροτικοί συνεταιρισμοί και οι συνδικαλιστικές οργανώσεις είναι αυτοί που συγκεντρώνουν ηλεκτρονικά όλα τα δεδομένα, τα οποία όμως δεν έχουν καμία ασφάλεια και μπορούν ανά πάσα στιγμή να αλλαχθούν, και δεύτερον, στο γεγονός ότι η ποιότητα των ελέγχων στην Ελλάδα είναι μέτρια, καθώς τα αποτελέσματα των επιθεωρήσεων δεν δίνουν τα απαραίτητα στοιχεία και η όλη παρουσίαση δεν είναι έγκυρη. Είναι χαρακτηριστικό, όπως αναφέρεται στην έκθεση του Ελεγκτικού Συνεδρίου, ότι το 2004 οι αλλαγές που έγιναν στα δεδομένα της αγροτικής παραγωγής στα αρχεία που διατηρούν οι συνεταιρισμοί είχε σαν αποτέλεσμα να χαθούν 10 εκατ. ευρώ.