Τελευταία φορά που η Φώφη Γεννηματά είχε εκλεγεί  βουλευτής Α' Αθηνών, ήταν το 2000. Tον Οκτώβριο του 2002, παραιτήθηκε από το βουλευτικό αξίωμα και εξελέγη Yπερνομάρχης Αθηνών-Πειραιώς, θέση στην οποία επανεξελέγη το 2006.

Το 2007 παραιτήθηκε για να τεθεί επικεφαλής του ψηφοδελτίου Επικρατείας του ΠΑΣΟΚ για τις βουλευτικές του 2007.  Ωστόσο, με απόφαση του αρμόδιου Α' Τμήματος του Αρείου Πάγου που εξέτασε τη νομιμότητα της υποψηφιότητάς της, αποκλείστηκε από την εκλογική διαδικασία, λόγω κωλύματος καθώς «τα ανώτερα αιρετά μονοπρόσωπα όργανα των οργανισμών τοπικής αυτοδιοίκησης δεύτερου βαθμού δεν μπορούν να ανακηρυχθούν υποψήφιοι ούτε να εκλεγούν βουλευτές κατά τη διάρκεια της θητείας για την οποία εξελέγησαν, ακόμη και αν παραιτηθούν» (Άρθρο 56 του Συντάγματος).

Για τον ίδιο λόγο δεν ήταν υποψήφια βουλευτής ούτε στις εκλογές του 2009.

Στις διπλές εκλογές του 2012 ο κ. Βενιζέλος την είχε τοποθετήσει στη δεύτερη θέση του ψηφοδελτίου Επικρατείας του ΠΑΣΟΚ, ωστόσο δεν εξελέγη αφού το Κίνημα εξέλεξε έναν μόνο βουλευτή Επικρατείας, τον Πύρρο Δήμα