Η νεκροψία έδειξε ότι ο 20χρονος φοιτητής της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων έθεσε τέλος στη ζωή του την ημέρα της εξαφάνισής του, στις 6 Ιανουαρίου και πως πέθανε από αιμορροϊκό σοκ από τραύμα στο δεξιό περικάρπιο.
Ο ιατροδικαστής, Θεόδωρος Βουγιουκλάκης, διαπίστωσε ότι το μοναδικό τραύμα που έφερε το θύμα ήταν στον δεξιό καρπό και προκλήθηκε από μαχαίρι πριν τον θάνατο. Με δεδομένο ότι το θύμα ήταν αριστερόχειρας, οι αρχές κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι ο Γιακουμάκης αυτοκτόνησε, κόβοντας τις φλέβες του δεξιού καρπού του.
Συγκεκριμένα, σύμφωνα με την ενημέρωση που είχε η αστυνομία, κατά τη νεκροτομία βρέθηκε «μία προθανάτια κάκωση (τομή από μαχαίρι) στον δεξιό καρπό. Πλην αυτής, δεν βρέθηκε άλλη προθανάτια κάκωση, ενώ όλες οι άλλες είναι μεταθανάτιες και συγκεκριμένα στο πρόσωπο και τον θώρακα, που έχουν προκληθεί από ζώα».
Όσον αφορά τον χρόνο του θανάτου, σύμφωνα με την ιατροδικαστική έκθεση, συμβαδίζει με τον χρόνο εξαφάνισης του 20χρονου. Συγκεκριμένα, κατά τη νεκροτομία βρέθηκε και περιεχόμενο στομάχου, δηλαδή ο Βαγγέλης δεν είχε χωνέψει καν το φαγητό που είχε φάει λίγο πριν εξαφανιστεί.
Η σορός του άτυχου φοιτητή της Γαλακτομικής Σχολής Ιωαννίνων βρέθηκε λίγα μόλις μέτρα από τη Σχολή. Το πτώμα του παιδιού σε προχωρημένη αποσύνθεση και δίπλα του ένα μαχαίρι.
Η εκδοχή της αυτοχειρίας, σύμφωνα με αρμόδιους αξιωματικούς της ΕΛΑΣ, δημιουργεί, δικαστικά, ένα σοβαρό κώλυμα ως προς την απόδοση ευθυνών σε συγκεκριμένα άτομα για τον θάνατο του νεαρού σπουδαστή. Και αυτό γιατί, όπως προβλέπεται από τη νομοθεσία, για να διατυπωθεί οποιαδήποτε κατηγορία σε βάρος τρίτου ατόμου για συμμετοχή σε αυτοκτονία, πρέπει να αποδειχτεί με ατράνταχτα στοιχεία ότι «με πρόθεση έχει καταπείσει τον αυτόχειρα να αυτοκτονήσει, με βία, εξαναγκασμό ή πειθώ». Αυτό πρακτικά είναι πολύ δύσκολο.
Εν τω μεταξύ, λίγο μετά τις 14:00, αναχώρησε από τα Γιάννενα η πομπή με τη σορό του Βαγγέλη Γιακουμάκη, προκειμένου να φύγει με πλοίο από τον Πειραιά, στις 21:00, για την ιδιαίτερη πατρίδα του παιδιού, τους Αρμένους Ρεθύμνου, όπου θα γίνει η κηδεία.