Σε πρόσφατη δημόσια τοποθέτησή της, η κ. Μπακογιάννη αναφερει χαρακτηριστικά ότι  "Η κυβέρνηση, κατά την άποψη μου, προσέρχεται εμφανώς αποδυναμωμένη έναντι εταίρων, λόγω της έλλειψης κεντρικής ταύτισης απόψεων... Όταν έχει μία εικόνα όπου ο καθένας λέει τα δικά του, με τι σοβαρότητα θα μας αντιμετωπίσουν οι ξένοι; Θεωρώ τεράστια αδυναμία της κυβέρνησης που δεν ενημερώνει την αντιπολίτευση. Δείχνει μία αλαζονική συμπεριφορά. Τα εθνικά θέματα δεν είναι κομματικά".

Στη συνέχεια συμπλήρωσε πως "Όταν έχεις μία κυβέρνηση που δεν μπορεί να πείσει ο ένας υπουργός τον άλλο για την ορθότητα της διαπραγμάτευσης του, αδυνατίζει πολύ η ελληνική θέση".

Ακόμα η κ. Μπακογιάννη δήλωσε ότι "Αυτό το θέμα είναι πάρα πολύ σοβαρό για να ακούς γελοιότητες... Δεν μπορεί να κοροϊδεύουν, δεν είναι χώρα λωτοφάγων η Ελλάδα. Αυτό το πράγμα θέλει θάρρος, ανάληψη ευθύνης και εθνική πολιτική... Δεν είναι κομματικό θέμα το Μακεδονικό, είναι ένα θέμα που οι Έλληνες το νιώθουν μέσα στην ψυχή τους" είπε μεταξύ άλλων η πρώην υπουργός και σημείωσε ότι "εάν συμβεί δημοψήφισμα στα Σκόπια θα είναι τεράστιο πρόβλημα για τη διαπραγμάτευση, εγώ δεν το είχα δεχτεί".

Τέλος, σχολιάζοντας τα όσα είπε ο ΥΠΕΞ, η κ. Μπακογιάννη τόνισε ότι "ο κ. Κοτζιάς αποσαφήνισε ότι η κυβέρνηση ξεκίνησε μία διαπραγμάτευση, για την οποία η αντιπολίτευση και η εθνική αντιπροσωπεία δεν γνωρίζουν τίποτα επί της ουσίας, μία διαπραγμάτευση κεκλεισμένων των θυρών... Όταν μιλάς για ένα θέμα το οποίο αγγίζει τις ψυχές και τις καρδιές των Ελλήνων, με τον τρόπο τον οποίο αγγίζει το Μακεδονικό ζήτημα, είναι βέβαιο ότι έχεις υποχρέωση να προσπαθήσεις να πετύχεις τη μεγαλύτερη εθνική συνεννόηση πάνω στο θέμα. Εδώ έχουμε μία κυβέρνηση η οποία δεν εκπροσωπεί ούτε την κυβερνητική πλειοψηφία".