Οι εκκλήσεις στη Νέα Δημοκρατία για συναίνεση, σε συνδυασμό με την πρόταση ονομαστικής ψηφοφορίας, που ζήτησε ο ΛΑΟΣ, τις συμβιβαστικές προτάσεις βουλευτών του ΠΑΣΟΚ (Βούγιας, Κατσέλη), αλλά και την τοποθέτηση του Κυριάκου Μητσοτάκη (ΝΔ) υπέρ της αρχής του νομοσχεδίου, έδωσαν την αφορμή στην υπουργό Παιδείας Άννα Διαμαντοπούλου για αναδιατύπωση της διάταξης για τη διαδικασία εκλογής πρυτάνεων, εξασφαλίζοντας και την τελική συναίνεση της ΝΔ, εκτός από εκείνην του ΛΑΟΣ και των βουλευτών της «Δημοκρατικής Συμμαχίας».

Με την τελική διατύπωση, οι πρυτάνεις των τριτοβάθμιων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων, θα εκλέγονται από το σύνολο των μελών ΔΕΠ, από λίστα 2-3 ατόμων που θα καταρτίζονται από το εκάστοτε Συμβούλιο. Φοιτητική συμμετοχή άλλου είδους στην εκλογή των πρυτάνεων, δεν θα προβλέπεται.

Μετά τη δήλωση της ΝΔ πως υπερψηφίζει το νομοσχέδιο για την τριτοβάθμια εκπαίδευση επί της αρχής, ο ΛΑΟΣ απέσυρε την πρόταση ονομαστικής ψηφοφορίας που είχε καταθέσει.

Η πρώτη αντίδραση, μετά τη συναίνεση κυβέρνησης και Ν.Δ., ήρθε από τους προέδρους των καθηγητών Πανεπιστημίων και ΤΕΙ, κ.κ. Σταυρακάκη και Τσάκνη, οι οποίοι χαρακτήριζαν θετικό το γεγονός της αποδοχής να εκλέγεται ο πρύτανης από το σύνολο των διδασκόντων κάθε ιδρύματος.

Οι 15 βασικές αλλαγές που φέρνει στα ΑΕΙ ο νέος νόμος - πλαίσιο είναι οι εξής:

1. Τα πανεπιστήμια αποκτούν διοικητική δυαρχία. Ενα 15μελές Συμβούλιο με οκτώ εσωτερικά μέλη, έξι εξωτερικά και έναν εκπρόσωπο φοιτητών θα είναι αρμόδιο για διοικητικά θέματα και ανάπτυξη, ενώ η Σύγκλητος θα έχει ακαδημαϊκές αρμοδιότητες

2. Ο πρύτανης επιλέγεται βάσει διεθνούς προκήρυξης ενδιαφέροντος και μπορεί να προέρχεται από χώρο εκτός του πανεπιστημίου που θα διοικεί. Το Συμβούλιο θα προκρίνει 2 ή 3 υποψηφιότητες και στη συνέχεια οι καθηγητές του ιδρύματος θα ψηφίζουν για την ανάδειξη του ενός. Δεν ψηφίζουν διοικητικοί υπάλληλοι και φοιτητές. Η θητεία του θα είναι πενταετής χωρίς δυνατότητα ανανέωσης.

3. Καταργείται το πανεπιστημιακό άσυλο. Σε αξιόποινες πράξεις που τελούνται εντός των χώρων τους εφαρμόζεται η κοινή νομοθεσία.

4. Οι καθηγητές θα αξιολογούνται κάθε πενταετία και προβλέπονται επιβραβεύσεις για θετικές και κυρώσεις σε περίπτωση αρνητικής αξιολόγησης.

5. Οι πανεπιστημιακοί εντάσσονται σε τρεις βαθμίδες: καθηγητές, αναπληρωτές και επίκουροι. Μπορούν να καλούνται ως επισκέπτες καθηγητές και καταξιωμένοι Έλληνες ή αλλοδαποί επιστήμονες

6. Προβλέπεται δυνατότητα σύντομων σπουδών τριετούς διάρκειας που θα οδηγούν σε κανονικό πτυχίο, για όσα ιδρύματα το αποφασίσουν.
7. Ιδρύονται σχολές μεταπτυχιακών σπουδών και σχολές διά βίου μάθησης.

8. Τέλος στους «αιώνιους» φοιτητές. Θα χάνουν τη φοιτητική ιδιότητα αν ξεπεράσουν τέσσερα εξάμηνα σπουδών περισσότερα από τον κανονικό χρόνο. Δίνεται δυνατότητα μερικής φοίτησης σε εργαζόμενους φοιτητές. Θεσπίζονται φοιτητικά δάνεια με εγγύηση του Δημοσίου.

9. Οι φοιτητές θα μπορούν να μετακινούνται εσωτερικά σε διαφορετικά τμήματα, μεταφέροντας πιστωτικές μονάδες, όπως συμβαίνει με το πρόγραμμα Erasmus για τις μετακινήσεις στο εξωτερικό.

10. Η περιουσία και τα κληροδοτήματα των ιδρυμάτων θα αξιοποιούνται για την αύξηση των εσόδων τους από οργανισμούς που θα ιδρυθούν.

11. Μέρος της χρηματοδότησης των πανεπιστημίων συνδέεται με την αξιολόγησή τους. Προβλέπεται πρόσθετη χρηματοδότηση βάσει δεικτών ποιότητας.

12. Μπορούν να συγχωνεύονται, κατατέμνονται και καταργούνται ΑΕΙ, όταν υπάρχει δυσανάλογα μικρός ή μεγάλος αριθμός φοιτητών και όταν η λειτουργία τους δεν δικαιολογείται επιστημονικά.

13. Μπορούν να ιδρύονται παραρτήματα ελληνικών ΑΕΙ σε άλλες χώρες.

14. Μπορούν να οργανώνονται μαθήματα στην αγγλική και σε άλλες γλώσσες. Η διδασκαλία ξένης γλώσσας καθίσταται υποχρεωτική για τη λήψη πτυχίου.

15. Προβλέπεται λειτουργία επώνυμων εδρών για χορηγούς και ευεργέτες των πανεπιστημίων.