Ο κ. Παπαντωνίου είναι υπόλογος μετά από ποινική δίωξη που άσκησε σε βάρος του η Εισαγγελέας Διαφθοράς Ελένη Ράικου, μετά από έρευνα που διενεργήθηκε, όταν εντοπίστηκε από τα στοιχεία της "Λίστας Λαγκάρντ" ποσό 1,3 εκατ. ευρώ σε λογαριασμό της συζύγου του Σταυρούλας Κουράκου. Η δίωξη για τον πρώην υπουργό, αφορά στο έτος 2009 και είναι σε βαθμό πλημμελήματος, ενώ για το 2010 είναι σε βαθμό κακουργήματος. Η Εισαγγελέας έχει απαγγείλει κατηγορία και σε βάρος της κ. Κουράκου για το αδίκημα της άμεσης συνέργειας στην ανακριβή δήλωση "πόθεν έσχες" του συζύγου της.

Να σημειωθεί, ότι για το ίδιο ποσό το ζευγάρι αντιμετωπίζει επιπλέον κατηγορία για την μη δήλωση του το 2008, σε βαθμό πλημμελήματος, για την οποία έχουν απολογηθεί και έχουν αφεθεί ελεύθεροι με εγγυήσεις 50.000 και 200.000 ευρώ, αντίστοιχα. Η υπόθεση αναμένεται να προσδιοριστεί ενώπιον του Εφετείου.

Ο πρώην υπουργός έχει υποστηρίξει στην αρμόδια Επιτροπή της Βουλής πως δεν γνώριζε την ύπαρξη του επίμαχου χρηματικού ποσού καθώς ο επίμαχος ελβετικός λογαριασμός είχε ανοιχθεί το 2000 και αφορούσε σε χρήματα της συζύγου του και του τέως συζύγου της, για τις σπουδές των δύο γιων τους. Υποστήριξε επίσης, πως το 2010 το επίμαχο ποσό επαναπατρίστηκε και περιήλθε στα παιδιά της συζύγου του.