Η Αρχιεπισκοπή Αθηνών και πάσης Ελλάδος, άφησε μάλιστα να φανεί η δυσανεξία της, θεωρώντας πως ο κ. Φίλης, ανήκει στο χώρο των «αντικληρικαλιστών» που βάλλουν χωρίς αιτία κατά της μητέρας Εκκλησίας.

Αίφνης, ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος, παίρνοντας εμμέσως θέση στα πράγματα απέστειλε συγχαρητήριο τηλεγράφημα στον νέο υπουργό Παιδείας, Νίκο Φίλη.
Το μήνυμα του Προκαθήμενου του Οικουμενικού Θρόνου έχει ως εξής:
«Ευλογούντες από του Ιερού της Ορθοδοξίας Κέντρου, μήτρας και τροφού των Ελληνικών Γραμμάτων, ανάθεσιν ημετέρα προσφιλεί Εξοχότητι ιδιαιτέρας σημασίας δια την νέαν γενεάν και την παιδείαν του Γένους Υπουργείου, συγχαίρομεν και ευχόμεθα πάσαν επιτυχίαν επί προασπίσει τιμαλφών Γένους και Εκκλησίας, προσβλέποντες εις αγαστήν μεθ’ υμών συνεργασίαν, επί κοινού ενδιαφέροντος ζητημάτων».