Όπως είπε ζήτησε ο ίδιος από τον πατέρα του, Κωνσταντίνο Μητσοτάκη, να υπηρετήσει κανονικά τη θητεία του και να μην τύχει ευνοϊκής μεταχείρισης.
Σύμφωνα πάντα με τον ίδιο, βρέθηκε στη 346 Μοίρα των F16, όπου πέρασε 12 μήνες ως οπλίτης στο κέντρο επιχειρήσεων και σε θέση που καλύπτεται από μόνιμους αξιωματικούς της αεροπορίας.