Υπενθυμίζεται ότι το 1985 η ΕΝΑΕ έπαυσε τις δραστηριότητές της και τέθηκε υπό εκκαθάριση και το ίδιο έτος η κρατικής ιδιοκτησίας Ελληνική Τράπεζα Βιομηχανικής Ανάπτυξης (ΕΤΒΑ) αγόρασε την ΕΝΑΕ. Το 1995 το 49% των μετοχών της πωλήθηκε στους εργαζόμενούς της. Το 2001 το ελληνικό κράτος αποφάσισε να ιδιωτικοποιήσει πλήρως την ΕΝΑΕ και υπογράφηκε η συμφωνία για την πώληση των μετοχών της ΕΝΑΕ μεταξύ αφενός της ΕΤΒΑ και των εργαζομένων της ΕΝΑΕ και αφετέρου μιας κοινοπραξίας που είχαν συστήσει η εταιρία Howaldtswerke-Deutsche Werft GmbH (HDW) και η εταιρία Ferrostaal AG (HDW/Ferrostaal). Η HDW/Ferrostaal ίδρυσε την Ελληνική Ναυπηγοκατασκευαστική ΑΕ Χαρτοφυλακίου (Greek Naval Shipyard Holding, ΕΝΑΕΧ), οι μετοχές της οποίας ανήκαν κατ' ίσα μέρη στην HDW και στη Ferrostaal, με σκοπό να διαχειρίζεται τη συμμετοχή τους στην ΕΝΑΕ.

Το 2005 η ThyssenKrupp AG εξαγόρασε την HDW και απέκτησε τις μετοχές της ΕΝΑΕΧ που κατείχε η Ferrostaal. Κατά συνέπεια, η ThyssenKrupp κατέχει έκτοτε όλες τις μετοχές της ΕΝΑΕ και ελέγχει πλήρως την εταιρεία αυτή. Η ΕΝΑΕΧ και η ΕΝΑΕ έχουν ενταχθεί στην ThyssenKrupp Marine Systems AG (TKMS), που ειδικεύεται στα συστήματα πολεμικών πλοίων και στα ειδικευμένα εμπορικά πλοία.

Το 2001, στο πλαίσιο της ιδιωτικοποίησης της ΕΤΒΑ, η Τράπεζα Πειραιώς ΑΕ απέκτησε την πλειοψηφία των μετοχών της ΕΤΒΑ, και συγκεκριμένα το 57,7 %.

Η Ελλάδα χορήγησε διάφορες ενισχύσεις στην ΕΝΑΕ, για τις οποίες έχει εκδοθεί σειρά αποφάσεων της Επιτροπής και του Συμβουλίου. Το 2002 η Επιτροπή εξέδωσε απόφαση σύμφωνα με την οποία η ενίσχυση των 29,5 εκατ. ευρώ, που προοριζόταν να χρησιμοποιηθεί ως κίνητρο για την εθελούσια αποχώρηση από την ΕΝΑΕ των μισθωτών που εργάζονταν στη ναυπήγηση εμπορικών πλοίων ήταν συμβατή με την κοινή αγορά. Τα μέτρα απαλλαγής της ΕΝΑΕ από φόρους 11,2 εκατ. ευρώ (αποθεματικά και μελλοντικές συνταξιοδοτικές δαπάνες) κρίθηκαν το 2004 ασύμβατα με την κοινή αγορά.

Το 2008 η Επιτροπή εξέδωσε την απόφαση 2009/610/ΕΚ για τις ενισχύσεις που χορήγησε η Ελλάδα στην επιχείρηση, η οποία αφορά δεκαέξι μέτρα. Στις 15 Σεπτεμβρίου 2008, η ΕΝΑΕ άσκησε την παρούσα προσφυγή την οποία σήμερα το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο απέρριψε.