Ο νέος Κανονισμός λειτουργίας και διαχείρισης της Επιτροπής Ανταγωνισμού δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ (τεύχος δεύτερο, αρ. φύλλου 1890) την 29η Δεκεμβρίου 2006, καταργεί τον προηγούμενο και εισάγει μία σειρά διαφοροποιημένων ρυθμίσεων που στοχεύουν στην ταχύτερη ολοκλήρωση της διαδικασίας εξέτασης των υποθέσεων αλλά και λήψης αποφάσεων της Επιτροπής.
Ο έγγραφος χαρακτήρας της διαδικασίας εξέτασης υποθέσεων από την επιτροπή Ανταγωνισμού αποτελεί την πιο σημαντική νέα ρύθμιση. Επίσης, στο νέο κανονισμό περιλαμβάνεται η ευχέρεια της Επιτροπής να αποφασίσει τη διεξαγωγή προφορικής ακροάσεως.
Η σημαντικότερη νέα ρύθμιση είναι εκείνη που εισάγει τον έγγραφο χαρακτήρα της διαδικασίας εξέτασης υποθέσεων από την Επιτροπή Ανταγωνισμού. Στο νέο Κανονισμό προβλέπεται ευχέρεια της Επιτροπής
Σε αντίθεση με τις συγκεντρώσεις όπου ισχύουν οι προθεσμίες που τίθενται στο άρθρο 4δ του Ν. 703/1977, ο νέος Κανονισμός προβλέπει ότι η κλήτευση των μερών στην περίπτωση καταγγελιών ή αυτεπαγγέλτων ελέγχων επιδίδεται τουλάχιστον 60 ημέρες πριν από τη συνεδρίαση (άρθρο 10 παρ. 3).
Στο πλαίσιο της νέας αυτής έγγραφης διαδικασίας, τα μέρη υποχρεούνται να καταθέσουν στη Γραμματεία της Επιτροπής γραπτό υπόμνημα με το οποίο τοποθετούνται επί των αιτιάσεων της εισήγησης της Γενικής Διεύθυνσης Ανταγωνισμού το αργότερο 30 ημέρες πριν τη συζήτηση της εκάστοτε σχετικής υποθέσεως (άρθρο 11 παρ.2).
Με το εν λόγω υπόμνημα τα μέρη δηλώνουν επίσης αν επιθυμούν να ασκήσουν το δικαίωμα προφορικής ακρόασης, ανακοινώνουν το όνομα του νομίμου εκπροσώπου τους και τον αριθμό των μαρτύρων, δηλώνοντας το αντικείμενο επί του οποίου θα εξετασθούν και αιτιολογώντας ειδικώς την ανάγκη εξέτασής τους, ενώπιον της Επιτροπής.
Εντός της ίδιας προθεσμίας, τα μέρη οφείλουν να προσκομίσουν και όλα τα αποδεικτικά μέσα και διαδικαστικά έγγραφα που επικαλούνται. Οι αντικρούσεις από τα μέρη γίνονται με προσθήκη στο υπόμνημα, η οποία κατατίθεται το αργότερο 15 ημέρες πριν τη συζήτηση της υπόθεσης (11 παρ.4).
Ο νέος Κανονισμός προβλέπει επίσης συγκεκριμένες προθεσμίες σχετικά με την έκδοση των αποφάσεων της Επιτροπής, προκειμένου να αποφευχθούν καθυστερήσεις και σε αυτό το στάδιο. Με βάση τη νέα ρύθμιση η απόφαση της Επιτροπής εκδίδεται μετά από διάσκεψη που λαμβάνει χώρα εντός 30 ημερών από την περάτωση της συνεδριάσεως με την οποία ολοκληρώθηκε η συζήτηση της υπόθεσης. Μέσα σε προθεσμία 30 ημερών από το πέρας της τελευταίας διάσκεψης, η Επιτροπή υποχρεούται να εκδώσει την απόφασή της( άρθρο 25 παρ.2).
Τα στοιχεία των υπό συζήτηση υποθέσεων καταχωρίζονται στο ηλεκτρονικό αρχείο συνεδριάσεων, στην ιστοσελίδα της Επιτροπής ( άρθρο 10 παρ. 2). Αναφορικά με τη διαδικασία λήψεως ασφαλιστικών μέτρων, προβλέπεται η δυνατότητα της Επιτροπής για έκδοση προσωρινής διαταγής είτε αυτεπαγγέλτως, είτε μετά από σχετικό αίτημα των ενδιαφερομένων (άρθρο 12).
Σύμφωνα με το άρθρο 21 του νέου Κανονισμού, οποιοσδήποτε τρίτος, φυσικό ή νομικό πρόσωπο, μπορεί να υποβάλει στη Γραμματεία της Επιτροπής υπόμνημα σε κάθε υπόθεση που συζητείται στην Επιτροπή, τουλάχιστον 15 ημέρες πριν τη συζήτηση. Το σχετικό υπόμνημα πρέπει επιπλέον να επιδοθεί από τον υποβάλλοντα στα ενδιαφερόμενα μέρη τουλάχιστον δέκα ημέρες πριν από τη συζήτηση της υπόθεσης.
Ο νέος Κανονισμός επιβάλλει την αναφορά της γνώμης της μειοψηφίας στην απόφαση, με μνεία των ονομάτων των μειοψηφησάντων μελών (άρθρο 26 παρ. 4).
Τέλος, ο νέος Κανονισμός προβλέπει ότι τα στοιχεία του φακέλου καταστρέφονται μετά την πάροδο πενταετίας, αφότου η σχετική απόφαση της Επιτροπής κατέστη αμετάκλητη (άρθρο 29. παρ. 1 εδ. Β).