Σημειώνεται ότι από την ελληνική πλευρά δεν υπάρχει ανησυχία καθώς κατά τις διαπραγματεύσεις για την ένταξη στην ΕΟΚ, τότε, είχαν προβλεφθεί ευνοϊκές εξαιρέσεις για τη βαριά βιομηχανία της χώρας βασισμένες σε νομοθεσία που είχε κυρωθεί πριν το 1981.

Κατά  την πάγια κοινοτική πρακτική, η Γενική Διεύθυνση Ανταγωνισμού, με έγγραφό της, απευθύνει συγκεκριμένα ερωτήματα προς τα ελληνικά αρμόδια υπουργεία και ζητεί απαντήσεις εντάσσοντας στην έρευνά της και τις «ναυτιλιακές εταιρείες πλοίων αναψυχής» (ΝΕΠΑ).

Τα ερωτήματα εστιάζουν:

- Στον ειδικό φόρο επί των ακινήτων, όπου υπάρχει απαλλαγή (Νόμος 3091/2002) από έναν ειδικό φόρο που θα όφειλαν κανονικά για τα ακίνητα που ιδιοχρησιμοποιούν, σύμφωνα με τις διατάξεις του Α.Ν. 89/1967.

- στην απαλλαγή από το φόρο συγκέντρωσης κεφαλαίου για τις ναυτιλιακές εταιρείες

- στην απαλλαγή του ναυτιλιακού καυσίμου από τον ενιαίο ειδικό φόρο επί των πετρελαιοειδών:.

- στις ρυθμίσεις του Ν. 3763/2009 όπου οι εταιρείες του νόμου 27/1975 απαλλάχθηκαν με το άρθρο 39, από κάθε φόρο τέλος, εισφορά ή κράτηση υπέρ του Δημοσίου, από κάθε τέλος χαρτοσήμου και από κάθε άλλη επιβάρυνση, με ορισμένες εξαιρέσεις σε σχέση με κέρδη προερχόμενα από τις δραστηριότητες που περιγράφονται στο ίδιο άρθρο 25 του ν. 27/1975.

- στις φοροαπαλλαγές για τους ναυτικούς, όπως και στις επιχορηγήσεις ασφαλιστικών εισφορών .

- στο νόμο 2843/2000, όπου αναζητώνται διευκρινίσεις για το καθεστώς φορολογίας των εταιρειών που ιδρύθηκαν υπό το συγκεκριμένο καθεστώς (ΕΕΠΝ).

- στις ετήσιες εισφορές σε σχέση με δάνεια (νόμος 128/75), όπου εξαιρούνται οι επιχειρήσεις, οι οποίες έχουν υπαχθεί στις διατάξεις του αρ. 13 του Ν.Δ. 2687/1953.

- στην εξαίρεση των Εταιρειών Σκαφών αναψυχής από το φόρο εισοδήματος και τρην ένταξη στο φόρο χωρητικότητας κ.ά.

Η ελληνική πλευρά έχει πάρει διορία μέχρι και τις 30 Οκτωβρίου να απαντήσει.

Από την Ε.Ε., σύμφωνα με πληροφορίες, δεν αμφισβητείται η εφαρμογή του καθεστώτος φορολογίας χωρητικότητας (tonnage tax), το οποίο, ισχύσει σε όλη την Ευρώπη, αλλά κάποιες ρυθμίσεις, που προωθήθηκαν μετά το 1981.

Ειδικά οποιαδήποτε αλλαγή του καθεστώτος tonnage tax, θα δημιουργούσε αποσταθεροποιητικά στην ανταγωνιστικότητα της ευρωπαϊκής ναυτιλίας, η μεταφέρει το 80% του εμπορίου της κοινότητας και ειδικά στην Ελλάδα αντιπροσωπεύει πάνω από 6% στο ελληνικό ΑΕΠ, ενώ το 2011 το ναυτιλιακό συνάλλαγμα, που εισέρευσε στην Ελλάδα, έφθασε τα 14 δισ. ευρώ, καλύπτοντας έτσι το 51% του εμπορικού ελλείμματος της χώρας

Επίσης για τη χώρα θα λειτουργούσε ως αιτία για τον ελληνικό εφοπλισμό να επανεξετάσει τη θέση του και την παρουσία του στην Ελλάδα, με καταστροφικές συνέπειες, με δεδομένη την οικονομική συγκυρία.

Παράγοντες επίσης της αγοράς τονίζουν ότι πολλά από τα θέματα που θίγονται είναι «ανοικτά» και σε επίπεδο της Ευρωπαϊκής Ένωσης, τονίζοντας ότι υπάρχουν πτυχές που παραβλέπονται από την ΕΕ., όπως η μείωσή του ελληνικού νηολογίου τα τελευταία χρόνια, λόγω μη ανταγωνιστικότητας του, τη διαμόρφωση συντελεστών φόρου βάσει ηλικίας, που αποτρέπουν την αγορά νεώτερων και περισσότερων φιλικών προς το περιβάλλον πλοίων  (ο μέσος όρος ηλικίας του ελληνόκτητου στόλου το 2000 ήταν τα 20,3 χρόνια και τώρα είναι 10,5 χρόνια, ενώ το παγκοσμίου τα 12,8 χρόνια).

Πάντως η Γενική Διεύθυνση Ανταγωνισμού αναγνωρίζει ότι «το κανονικό επίπεδο του ελληνικού φόρου χωρητικότητας είναι ίσο ή υψηλότερο των θεωρητικών κερδών και των συντελεστών φόρου χωρητικότητας που καταβάλλονται στα άλλα κράτη-μέλη».

Αξίζει να σημειωθεί ότι ο φόρος χωρητικότητας (tonnage tax) λειτούργησε ευνοϊκά για την ευρωπαϊκή ναυτιλία, όπως αναγνωρίζει η ίδια η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, καθώς επανήλθαν στα εθνικά νηολόγια πλοία μεγάλης χωρητικότητας.