Τα κονδύλια που θα πάρουν τα υπουργεία θα είναι μεν ελαφρώς περισσότερα από αυτά που δόθηκαν το 2005, αλλά παρατηρούνται μεγάλες αποκλίσεις και μειώσεις όταν αναλυθεί η ποσοστιαία επί τοις εκατό μεταβολή τους σε σύγκριση με πέρυσι, σύμφωνα με "Το Βήμα της Κυριακής". Τα περισσότερα χρήματα το 2006 σε σύγκριση με το 2005 προβλέπεται να δοθούν στο υπουργείο Απασχόλησης και Κοινωνικής Προστασίας και θα είναι περίπου 7.624 εκατ. ευρώ. Ακολουθεί το υπουργείο Παιδείας με 6.047 εκατ. ευρώ και μετά το υπουργείο Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης με 4.769 εκατ. ευρώ. Ωστόσο εν συγκρίσει με το 2005 τα κονδύλια για το υπουργείο Παιδείας είναι πολύ μειωμένα, καθώς από το 8,4% το ποσοστό πέφτει στο 5,1%. Για το υπουργείο Απασχόλησης προβλέπεται ποσοστιαία μεταβολή αύξησης κατά 8,4%, συμπεριλαμβανομένου και του ΛΑΦΚΑ, έναντι 12,1%. Στην πιο δυσχερή θέση είναι το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης που από το 23% των δαπανών την περίοδο 2004-2005 πέφτει στο 5,8% την περίοδο 2005-2006. Μάλιστα τα χρήματα που δίδονται για γεωργικές επιδοτήσεις μειώνονται κατά 50% περίπου, καθώς από το 16,4% προβλέπεται ότι θα φθάσουν το 8,6%. Υπερδιπλάσια είναι πάντως η ποσοστιαία μεταβολή των κονδυλίων για το υπουργείο Εσωτερικών, καθώς από το 4,2% προβλέπεται να προσεγγίσει το 9,3%, στο οποίο συμπεριλαμβάνονται και τα χρήματα για την οικονομική ενίσχυση των δήμων και των νομαρχιών, καθώς και το κόστος των δημοτικών και νομαρχιακών εκλογών. Ιδιαίτερα υψηλές είναι οι δαπάνες για το υπουργείο Oικονομίας και Oικονομικών που προβλέπονται να φθάσουν τα 848 εκατ. ευρώ, ενώ μεγάλες απώλειες «μετρούν» τα υπουργεία Δημόσιας Τάξης, Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και Εθνικής Αμυνας.