Άλλο ζήτημα που ανησυχεί την Ομοσπονδία είναι η μείωση των θέσεων εργασίας των ναυτικών στα υπό ελληνική σημαία πλοία και τη συνεχιζόμενη μετανηολόγηση πλοίων ελληνικών συμφερόντων σε σημαίες ευκαιρίας ,αλλά και η  γραφειοκρατία που έχει προκύψει μετά τη κατάργηση του Υπουργείου Ναυτιλίας, η οποία  έχει υποβαθμίσει αισθητά την λειτουργία του ελληνικού εμπορικού στόλου.


Σε ψήφισμά τους οι ναυτεργάτες ζητούν την άμεση άρση της συνεχιζόμενης για περισσότερο από έναν χρόνο πολιτικής επιστράτευσης και την άμεση επανασύσταση του υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας.


Επίσης οι ναυτεργάτες  στο ίδιο κείμενο ζητούν τη διατήρηση του ΝΑΤ και την απρόσκοπτη συνέχιση χρηματοδότησης του από τον τακτικό προϋπολογισμό των παροχών όλων των Ταμείων, όπως ίσχυε μέχρι και το 2010, καθώς και η διατήρηση των εφάπαξ παροχών, όπως αυτά χορηγούνται σήμερα από τα Ταμεία Προνοίας Αξιωματικών και Κατωτέρων Πληρωμάτων.


Ακόμη ζητούν την αναβάθμιση των παρεχόμενων υπηρεσιών στον Οίκο Ναυτού, την επαναλειτουργία του Νοσηλευτικού Ιδρύματος Εμπορικού Ναυτικού (Ν.Ι.Ε.Ν.), την αναβάθμιση της ναυτικής εκπαίδευσης, διατήρηση του Ειδικού Λογαριασμού Οικογενειακών Επιδομάτων Ναυτικών (ΕΛΟΕΝ) με χρηματικούς πόρους από εισφορές πλοιοκτητών και ναυτικών και μηδενική επιβάρυνση του Δημοσίου για τις λειτουργικές του δαπάνες.


Οι ίδιοι οι ναυτεργάτες υποστηρίζουν στο παρών  ψήφισμα οτι ''διεκδικούν την «αναβάθμιση των επιπέδων ασφαλείας των πλοίων, την αυστηρή εφαρμογή των μέγιστων ωρών εργασίας και ελαχίστων ωρών ανάπαυσης των ναυτεργατών και την αποφυγή της εντατικοποίησης της εργασίας - ιδιαίτερα στα επιβατηγά πλοία - που οδηγεί στην κόπωση και το άγχος, παράγοντες που αποδεδειγμένα ευθύνονται για την πρόκληση ναυτικών ατυχημάτων''.