Βασική αδυναμία, που προκύπτει από το κείμενο του νομοσχεδίου, αποτελεί -σύμφωνα με τον ΣΒΒΕ- η έλλειψη περιγραφής του Εθνικού Προγράμματος Έρευνας και Τεχνολογίας (ΕΠΕΤ).
Στο νέο νομοσχέδιο, τονίζει, θα πρέπει να αποσαφηνίζεται το ακριβές περιεχόμενο του ΕΠΕΤ και η διαδικασία ανάλυσης, με την οποία καθορίζονται οι τομείς εθνικής προτεραιότητας για την έρευνα και την τεχνολογία. Επίσης, επιβάλλεται να ορίζεται το όργανο που αποφασίζει τελικά για το συνολικό προϋπολογισμό, καθώς και η διαδικασία κατανομής των κονδυλίων του ΕΠΕΤ.
Κατά τον ΣΒΒΕ, πρέπει να εντάσσεται στο ΕΠΕΤ η έρευνα από το υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και τους ερευνητικούς οργανισμούς που εποπτεύει. Εξάλλου, επιβάλλεται να διευκρινίζεται ο τρόπος σύνδεσης του ΕΠΕΤ με το Εθνικό Σχέδιο Περιφερειακής Ανάπτυξης, το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων και την ευρωπαϊκή πολιτική.
Ο ΣΒΒΕ ζητεί επίσης την ουσιαστικότερη συμμετοχή του ιδιωτικού τομέα στο νέο θεσμικό πλαίσιο, προτείνοντας -μεταξύ άλλων- να υπάρχει η δυνατότητα ορισμού διακεκριμένων ερευνητών υψηλού κύρους από τον ιδιωτικό τομέα ως μελών του επιστημονικού τμήματος του Εθνικού Συμβουλίου Έρευνας και Τεχνολογίας.
Οι βιομήχανοι εισηγούνται ακόμη τη συμμετοχή δύο εκπροσώπων του ιδιωτικού τομέα στο διοικητικό συμβούλιο του Εθνικού Οργανισμού Έρευνας και Τεχνολογίας. Επίσης, ζητούν να προβλέπεται η δυνατότητα διακεκριμένοι επιστήμονες που υπηρετούν στο δημόσιο τομέα, είτε ως επισκέπτες καθηγητές ΑΕΙ, είτε ως επισκέπτες ερευνητές σε ερευνητικά κέντρα, να εργασθούν στον ιδιωτικό τομέα. Παράλληλα, θα έπρεπε να υπάρχει η δυνατότητα σύνδεσης των ιδιωτικών θερμοκοιτίδων και με ιδιωτικά τεχνολογικά πάρκα.
Ο ΣΒΒΕ προτείνει, τέλος, τη συμμετοχή του υπουργείου Μεταφορών και Επικοινωνιών στην προτεινόμενη διυπουργική επιτροπή έρευνας και τεχνολογίας, αλλά και να προστεθούν στους ερευνητικούς τομείς της εφαρμοσμένης έρευνας οι κλάδοι των κατασκευών και των λειτουργιών και διαδικασιών επιχειρήσεων.
Τα ερευνητικά προγράμματα βασικής έρευνας πρέπει να έχουν μέγιστη διάρκεια δύο ετών και κατά το πρώτο έτος να αξιολογείται η πορεία υλοποίησης τους. Παράλληλα, το προτεινόμενο ανώτερο ύψος ενίσχυσης επιχειρήσεων με 100% δημόσια χρηματοδότηση προτείνεται να αυξηθεί από 10.000 σε 50.000 ευρώ.