Βασικοί κατηγορούμενοι είναι ο ηγούμενος Εφραίμ και ο δεύτερος τη τάξει στη Μονή, μοναχός Αρσένιο, ενώ πλην των δύο ιερωμένων, κατηγορούμενοι για την υπόθεση της Μονής Βατοπεδίου είναι άλλα 12 πρόσωπα.

Επτά χρόνια μετά τη δημοσιοποίηση της υπόθεσης με τις επίμαχες ανταλλαγές, οι κατηγορούμενοι καλούνται πλέον να λογοδοτήσουν στο ακροατήριο για τον βαθμό εμπλοκής που τους καταλογίζεται, είτε ως φυσικοί είτε ως ηθικοί αυτουργοί σε πράξεις απιστίας και ψευδών βεβαιώσεων.

Η υπόθεση αφορά την παράδοση από τη Μονή, στο Δημόσιο, της Λίμνης Βιστωνίδας και των παραλιμνίων εκτάσεων της, συνολικού εμβαδού περίπου 27 χιλιάδων, με αντάλλαγμα ακίνητα του Δημοσίου.