Το ΣτΕ έκρινε ότι το δικαίωμα προς έκπτωση αποτελεί αναπόσπαστο τμήμα του μηχανισμού ΦΠΑ και δεν μπορεί, κατ’ αρχήν, να περιοριστεί. Σκοπός του συστήματος των εκπτώσεων είναι η πλήρης απαλλαγή του επιχειρηματία από το βάρος του οφειλόμενου ή καταβληθέντος ΦΠΑ στο πλαίσιο όλων των οικονομικών δραστηριοτήτων του.

«Η τροφοδοσία του πληρώματος του πλοίου αποτελεί νόμιμη υποχρέωση, η οποία βαρύνει τον εφοπλιστή και κατά συνέπεια ο ΦΠΑ εισροών που επιβάλλεται επί της δαπάνης για την εν λόγω τροφοδοσία, πρέπει να δύναται να τύχει εκπτώσεως από το ΦΠΑ των εκροών, που οφείλει να καταβάλει η τελευταία», έκριναν οι Σύμβουλοι, που ασχολήθηκαν με περίπτωση ελληνικής ναυτιλιακής εταιρείας, στην οποία η αρμόδια ΔΟΥ  δεν δέχθηκε το ποσό που είχε εκπέσει του ΦΠΑ το οποίο αντιστοιχούσε στο κόστος τροφοδοσίας των πληρωμάτων των πλοίων που έχει και εκτελούν εσωτερικούς πλόες.