Τα δύο του παιδιά, Μάιρα και Χρήστος, έφτασαν στην εκκλησία της Παναγίας της Φανερωμένης στη Βουλιαγμένη μαζί με την μητέρα τους προκειμένου να τελεστεί η εξόδιος ακολουθία.
Στην συνέχεια, η σορός του Αλέξη Κούγια κατευθύνθηκε στο Α νεκροταφείο όπου και έγινε η ταφή του το μεσημέρι. Στο πρώτο νεκροταφείο για το τελευταίο αντίο περίμενε και πλήθος κόσμου με ένα λουλούδι στο χέρι.
Ανάμεσα σε αυτούς που παρεβρέθηκαν στο τελευταίο αντίο ήταν οι συνάδελφοι του Θέμης Σοφός, Βασίλης Καπερνάρος, Αλέξανδρος Λυκουρέζος και Μιχάλης Δημητρακόπουλος, ο εργατολόγος Αλέξης Μητρόπουλος, ο Λευτέρης Αυγενάκης καθώς και ο υπουργός Ανάπτυξης Τάκης Θεοδωρικάκος.
