Συγκεκριμένα η AEGEAN κατέθεσε προσφορά για την εξυπηρέτηση των κάτωθι γραμμών:
Αθήνα-Αστυπάλαια
Αθήνα-Ικαρία
Αθήνα-Κάλυμνος
Αθήνα-Κάρπαθος
Αθήνα-Κύθηρα
Αθήνα-Σητεία
Αθήνα-Σκιάθος
Αθήνα-Σκύρος
’κτιο-Σητεία
Αλεξανδρούπολη-Σητεία
Θεσσαλονίκη-Καλαμάτα
Θεσσαλονίκη-Κέρκυρα
Θεσσαλονίκη-Σάμος
Θεσσαλονίκη-Σκύρος
Θεσσαλονίκη-Χίος
Κέρκυρα-’κτιο-Κεφαλονιά-Ζάκυνθος
Λήμνος-Μυτιλήνη-Χίος-Σάμος-Ρόδος
Η εταιρεία σκοπεύει να καλύψει τις ως άνω γραμμές με αεροσκάφη AVRO RJ 100 (χωρητικότητας 112 θέσεων) καθώς και με αεροσκάφη ATR 72-500(χωρητικότητας 68 θέσεων). Η εταιρεία έχει προσθέσει στο στόλο της δύο αεροσκάφη ATR 72-500 τελευταίας τεχνολογίας, τα οποία έχουν ηλικία λιγότερη του ενός έτους αφού είναι παραγωγής δευτέρου εξαμήνου του 2008 και έχουν και αυτά δερμάτινα καθίσματα.
