Από τις 6.1.2009, λόγω της χαμηλής πίεσης (ανεπάρκεια) του φυσικού αερίου στον ΑΗΣ Κομοτηνής, ο Σταθμός χρησιμοποιεί ως καύσιμο ντήζελ με επιβάρυνση, που οφείλεται στη σχετική διαφορά του κόστους των δύο καυσίμων, ύψους 35 - 40 ευρώ/MWh.
Υπογραμμίζεται ότι, το ντήζελ, που μπορεί να χρησιμοποιηθεί αντί του φυσικού αερίου στον ΑΗΣ Κομοτηνής, κοστίζει πολύ περισσότερο από το μαζούτ, το οποίο χρησιμοποιείται σε άλλου τύπου, πετρελαϊκές, Μονάδες.
