Επειδή ο φούρνος μικροκυμάτων δεν ψήνει ομοιόμορφα, είναι πολύ σημαντικό να ξέρετε ότι κάποια βακτήρια μπορεί να επιβιώσουν. Ακόμα, κάποια τρόφιμα όταν μπαίνουν στον φούρνο μικροκυμάτων απελευθερώνουν κάποιες ουσίες που μπορεί να είναι καρκινογόνες λόγω τις τοξικότητάς τους.
Πέρα από αυτά όμως υπάρχουν και κάποια τρόφιμα τα οποία μπορούν να γίνουν πολύ τοξικά όταν τα βάλουμε στον φούρνο μικροκυμάτων και έτσι θα πρέπει να αποφεύγουμε να τα ζεσταίνουμε με αυτόν τον τρόπο.