Ο Δήμος Πατρέων είχε προσφύγει στο ΣτΕ ζητώντας να ακυρωθεί το νομοθετικό πλέγμα που επιτρέπει την κατασκευή του νέου λιμένα. Υποστήριζε μεταξύ των άλλων ότι με τις σχεδιαζόμενες χωροταξικές και πολεοδομικές ρυθμίσεις διακόπτεται η συνέχεια των λειτουργιών της πόλης προς τη θάλασσας και αποκόπτεται η πόλη και οι κάτοικοι της από το παραθαλάσσιο μέτωπο. Τελικά το ΣτΕ έκρινε διπλά αντισυνταγματική την νομοθετική πορεία για την κατασκευή του λιμανιού.
Έκρινε κατά αρχάς ότι, σύμφωνα με τις συνταγματικές επιταγές, πρέπει να εκδίδονται Προεδρικά Διατάγματα και όχι υπουργικές αποφάσεις ή αποφάσεις της Επιτροπής Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Λιμένων (ΕΣΑΛ).
Ακόμα, υπογραμμίζει στην δικαστική απόφαση ότι δεν μπορεί νόμος να κυρώνει αναδρομικά κανονιστικές διοικητικές αποφάσεις.
Τελικά το ΣτΕ έκανε δεκτή την αίτηση του Δήμου Πατρέων και ακύρωσε όλες τις αποφάσεις που καθόριζαν τους όρούς κατασκευής του νέου λιμένα Πατρών.