Οι ελληνικές αρχές διαβίβασαν απάντηση προς την Ε.Ε., όπου ισχυρίζονται ότι οι φορολογικές διατάξεις που προβλέπονται στα άρθρα 2 και 3 του κυρωτικού νόμου3755/2009 δεν έχουν ως αποτέλεσμα τη χορήγηση κρατικής ενίσχυσης καθώς, όπως έχει ήδη εξηγηθεί, δεν εισάγουν ειδικά μέτρα που ισχύουν επιλεκτικά για τη θυγατρική της Cosco Σταθμός Εμπορευματοκιβωτίων Πειραιά Α.Ε., ούτε απονέμουν αθέμιτο πλεονέκτημα σε αυτήν.
«Οι ως άνω φορολογικές διατάξεις αποτελούν την ατομική εφαρμογή του γενικού καθεστώτος, το οποίο η Ελλάδα έχει συστηματικά εφαρμόσει από τις αρχές της δεκαετίας του 1990 ως εγγενές μέρος του ελληνικού φορολογικού συστήματος σε σχέση με όλες τις παραχωρήσεις έργων δημόσιας υποδομής, προκειμένου να εξασφαλισθεί ότι τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά αυτών των παραχωρήσεων αντιμετωπίζονται σύμφωνα με τις αρχές του ελληνικού φορολογικού συστήματος»,αναφέρει χαρακτηριστικά στην απαντητική της επιστολή η ελληνική πλευρά.
Ειδικότερα, η Επιτροπή θεωρεί ότι οι φορολογικές διατάξεις του Νόμου3755/2009 οδηγούν σε απώλεια φορολογικών εσόδων για το ελληνικό Δημόσιο και,συνεπώς, συνιστούν τη χορήγηση κρατικών πόρων. Επιπλέον, θεωρεί ότι οδηγούν σε στρέβλωση του ανταγωνισμού.
Η ελληνική πλευρά, στην επιστολή της, τονίζει ότι «η επιστροφή πιστωτικού υπολοίπου ΦΠΑ δεν συνιστά κρατικούς πόρους και, κατά συνέπεια, η καταβολή τόκων υπερημερίας για την καθυστέρηση σε περιπτώσεις τέτοιας επιστροφής (με βάση το Αρθρο 2(4) του Νόμου 3755/2009) δεν δύναται να θεωρηθεί ότι εμπεριέχει τη χορήγηση κρατικών πόρων».
Η Επιτροπή επίσης έχει αμφιβολίες ως προς το εάν το Αρθρο 107(1) της ΣΛΕΕ τυγχάνει ή όχι εφαρμογής στις φορολογικές διατάξεις του Νόμου 3755/2009, στο βαθμό που αυτός θα χορηγούσε επιλεκτικό πλεονέκτημα στη ΣΕΠ. Η Επιτροπή παραθέτει στην απόφαση την προκαταρκτική ανάλυσή της ως προς το ζήτημα αυτό.
Οι ελληνικές Αρχές ωστόσο θεωρούν ότι η προκαταρκτική εκτίμηση της Επιτροπής είναι εσφαλμένη. Συγκεκριμένα, οι ελληνικές Αρχές υποστηρίζουν ότι «οι επίμαχες φορολογικές διατάξεις δεν παρέχουν πλεονέκτημα στη ΣΕΠ και ότι αποτελούν μέρος ενός γενικού μέτρου το οποίο δεν έχει επιλεκτικό χαρακτήρα, και ότι επομένως αυτές οι διατάξεις δεν συνιστούν κρατική ενίσχυση κατά την έννοια του Αρθρου107(1) της ΣΛΕΕ».
Επιπλέον τα υπουργεία Ναυτιλίας και Οικονομικών, που συνέταξαν της επιστολή τόνισαν ότι οι φορολογικές διατάξεις του Νόμου 3755/2009 δεν προκαλούν τη χορήγηση κρατικής ενίσχυσης, αλλά είναιμέρος ενός γενικού καθεστώτος το οποίο εφαρμόζεται σε όλα τα δημόσια έργα υποδομής.
«Ο Ελληνας νομοθέτης εφαρμόζει αυτό το γενικό καθεστώς συστηματικά από τις αρχές της δεκαετίας του 1990 προκειμένου να διασφαλίσει ότι, υπό το φως των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών των δημοσίων έργων υποδομής, η φορολογική μεταχείριση των επιχειρήσεων που υλοποιούν τέτοια έργα λαμβάνει υπόψη τα χαρακτηριστικά αυτά, τα οποία τις διαφοροποιούν από άλλες επιχειρήσεις οι οποίες εμπλέκονται σε άλλες κατηγορίες οικονομικής δραστηριότητας», υπογραμμίζει χαρακτηριστικά η ελληνική πλευρά και προσθέτει: «Αυτό το γενικό καθεστώς εφαρμόζεται σε όλες τις επιχειρήσεις στις οποίες ανατίθεται η υλοποίηση τέτοιων έργων σε όλους τους τομείς οικονομικής δραστηριότητας και σε όλες τις περιοχές της Ελλάδας, μέσω ανοιχτών και αμερόληπτων διαγωνιστικών διαδικασιών και υπό συνθήκες πλήρους ανταγωνισμού».