Σύμφωνα με τον Νέο Κανονισμό:

* Διευρύνεται το πεδίο εφαρμογής του σε προϊόντα υδατοκαλλιεργειών, φύκη, ζύμες και κρασί.

* Επιτρέπεται η χρήση ανόργανων λιπασμάτων χαμηλής διαλυτότητας

* Συνδέεται η απαγόρευση χρήσης Γενετικά Τροποποιημένων Οργανισμών με την ισχύουσα νομοθεσία για τα συμβατικά προϊόντα

* Δίνεται η δυνατότητα λειτουργίας μονάδων παράλληλης παραγωγής συμβατικών και βιολογικών προϊόντων.

* Επιτρέπεται η χρήση βιοδυναμικών παρασκευασμάτων.

* Θεσπίζονται κανόνες παραγωγής για τα φύκια.

* Θεσπίζονται κανόνες παραγωγής για τα ζώα υδατοκαλλιέργειας.

* Με τη θέσπιση και λειτουργία Κανονιστικής Επιτροπής για τη βιολογική γεωργία εγκρίνονται προϊόντα και ουσίες που επιτρέπεται να χρησιμοποιούνται στη βιολογική γεωργία και καταρτίζεται κατάλογος των προϊόντων αυτών.

* Ορίζονται περίοδοι μετατροπής ειδικά για κάθε τύπο καλλιέργειας ή ζωικής παραγωγής

* Υπό τον όρο "ευελιξία" η Επιτροπή προβλέπει την έγκριση εξαιρέσεων από τους κανόνες βιολογικής παραγωγής

* Με τον νέο κανονισμό παραμένει η κατηγορία των μεταποιημένων τροφίμων τα οποία χαρακτηρίζονται ως "βιολογικά" όταν το 95% κατά το βάρος των συστατικών τους είναι βιολογικής προέλευσης . Καταργείται όμως η κατηγορία των μεταποιημένων τροφίμων που εάν το 75% τουλάχιστον κατά βάρος των συστατικών τους είναι βιολογικό μπορεί να αναφέρεται στην επισήμανση των συστατικών τους. Με το νέο σχέδιο κανονισμού όλα τα μεταποιημένα τρόφιμα( πέραν της κατηγορίας 95%) που φέρουν βιολογικά συστατικά γεωργικής προέλευσης μπορούν να το αναφέρουν στα συστατικά τους.

* Ο ευρωπαϊκός λογότυπος τίθεται στα "προσυσκευασμένα" τρόφιμα βιολογικής παραγωγής και δίνεται η δυνατότητα στις χώρες της Ε.Ε. να θέτουν τον εθνικό λογότυπο.

* Αναγράφεται η ένδειξη του τόπου παραγωγής όταν τίθεται ο ευρωπαϊκός λογότυπος.

* Η ένδειξη του ευρωπαϊκού λογότυπου και του τόπου παραγωγής είναι προαιρετικές για τα προϊόντα που εισάγονται από τρίτες χώρες.

* Το σύστημα καθορίζεται με βάση τον Καν. 882/2004

* Για προϊόντα που εισάγονται από Τρίτη χώρα, η οποία δεν έχει λάβει ισοδυναμία η ίδια ή ο φορέας ή η αρχή ελέγχου αυτής, τότε η Επιτροπή αναγνωρίζει τις αρχές ή τους φορείς ελέγχου αυτής της τρίτης χώρας αναγνωρίζοντας τους ισοδυναμία με βάση τις κατευθυντήριες γραμμές CA

C/GL32 του Codex Alimentarius και όχι κατά το πρότυπο EN 45 τον οδηγό 65 ISO.