Ο Γιούνγκ διετέλεσε υπουργός Αμυνας στις 4 Σεπτεμβρίου, όταν οι δυνάμεις του ΝΑΤΟ στο Αφγανιστάν βομβάρδισαν κατ' εντολή του Γερμανού συνταγματάρχη Γκέοργκ Κλάιν δύο βυτιοφόρα που είχαν κλαπεί νωρίτερα από τους Ταλιμπάν, κοντά στη βόρεια επαρχία Κουντούζ. Ο υπουργός, ο οποίος τον προηγούμενο μήνα «μετακινήθηκε» στο υπουργείο Εργασίας, είχε επανειλημμένως αρνηθεί ότι σκοτώθηκαν άμαχοι σε αυτή την επίθεση. Την Πέμπτη, ωστόσο, παραδέχθηκε ενώπιον του Κοινοβουλίου ότι γνώριζε επί βδομάδες την ύπαρξη στρατιωτικής έκθεσης που έκανε λόγο για νεκρούς αμάχους.
Δεν έχει ξεκαθαριστεί πόσα άτομα σκοτώθηκαν στην επίθεση. Οργάνωση ανθρωπίνων δικαιωμάτων κάνει λόγο για τον θάνατο 70 πολιτών, ενώ η αφγανική κυβέρνηση μιλά για 100 νεκρούς, από τους οποίους οι 30 ήταν πολίτες.
Τις τελευταίες εβδομάδες το θέμα της επίθεσης στην Κουντούζ προκαλεί οργή στη Γερμανία, όπου σύμφωνα με σφυγμομετρήσεις, η πλειοψηφία του γερμανικού λαού αντιτίθεται στη συμμετοχή της χώρας στον πόλεμο στο Αφγανιστάν.
Μετά την παραίτηση του αρχηγού του Γενικού Επιτελείου των γερμανικών Ενόπλων Δυνάμεων, Βόλφγκανγκ Σνάιντερχαν, ήρθε και η σειρά του υπουργού Εργασίας, Φράντς Γιόζεφ Γιούνγκ, να υποβάλλει την παραίτησή του στην καγκελάριο Ανγκελα Μέρκελ. Ο Γερμανός υπουργός Εργασίας δέχεται έντονη κριτική για το ρόλο του σε αεροπορική επιδρομή στο Αφγανιστάν με θύμα αμάχους, όταν ήταν υπουργός Αμυνας.
