Επίσης, από τις 31 Δεκεμβρίου 2010, καταργούνται τα μειωμένα εισιτήρια, οι ατέλειες, οι απαλλαγές και κάθε είδους υφιστάμενες τιμολογιακές υποχρεώσεις της ΤΡΑΙΝΟΣΕ, η οποία πλέον θα μπορεί να διακόπτει την παροχή ζημιογόνων υπηρεσιών κάθε είδους. Ετσι, σε περίπτωση που η ΤΡΑΙΝΟΣΕ αποφασίσει τη διακοπή ζημιογόνου δρομολογίου επιβατικής σιδηροδρομικής μεταφοράς, μπορεί να συναφθεί σύμβαση υποχρέωσης δημόσιας υπηρεσίας (ΥΔΥ) με το υπουργείο Οικονομικών ή με φορείς ΟΤΑ. Το θέμα της διαγραφής των συσσωρευμένων χρεών του ΟΣΕ, που αγγίζουν τα 10 δισ. ευρώ, ενδέχεται να επιβαρύνουν, έστω και ένα μέρος αυτών, τον κρατικό προϋπολογισμό, γι' αυτό και σύμφωνα με πληροφορίες υπάρχουν έντονες επιφυλάξεις από την πλευρά της ΕΕ. Οπως χαρακτηριστικά αναφέρεται στο άρθρο 12, η εξειδίκευση της διαδικασίας (διαπίστωσης, βεβαίωσης και διαγραφής χρεών) θα γίνει δέκα ημέρες μετά τη δημοσίευση του νομοσχεδίου με κοινή υπουργική απόφαση των υπουργών Οικονομικών και Υποδομών.
Οσον αφορά στη διακοπή ζημιογόνων δρομολογίων, που αφορά στην πλειονότητα του σιδηροδρομικού δικτύου με εξαίρεση τον άξονα Αθήνα - Θεσσαλονίκη, πλέον η ανάθεσή τους θα γίνεται κατόπιν διαγωνισμού και με επιδότηση. Επίσης, σε περίπτωση που το Δημόσιο επιθυμεί να επιβάλει οποιουδήποτε είδους τιμολογιακή υποχρέωση προς την ΤΡΑΙΝΟΣΕ, θα πρέπει να προβλέπεται στη σύμβαση της ΥΔΥ.
Σχετικά με την ακίνητη περιουσία του ΟΣΕ, το μεγαλύτερο μέρος της προβλέπεται να μεταβιβαστεί στο Δημόσιο με τη ΓΑΙΑΟΣΕ να αναλαμβάνει χρέη διαχειριστή.
Αναφορικά με την εταιρική δομή, το σχέδιο νόμου προβλέπει την απορρόφηση του ΕΔΙΣΥ από τον ΟΣΕ, που πλέον θα είναι ο αποκλειστικός διαχειριστής της εθνικής σιδηροδρομικής υποδομής, έχοντας ως θυγα