Το ΣτΕ έκρινε ότι «δεν είναι νόμιμα αιτιολογημένη» η υπουργική απόφαση του 2004, με την οποία εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι του έργου.
Υπενθυμίζεται ότι στο ΣτΕ είχαν καταθέσει σχετικές προσφυγές ο σύμβουλος του Δήμου Αθηναίων, Σπ. Χαλβατζής και κάτοικοι των Σεπολίων, ζητώντας την ακύρωση της υπουργικής απόφασης, ως παράνομης και αντισυνταγματικής.
Το έργο είχε προγραμματισθεί από τον ΟΣΕ και η σχετική μελέτη εκπονήθηκε από τη θυγατρική εταιρία ΕΡΓΑ ΟΣΕ. Η κατασκευή του είχε ανατεθεί στην κοινοπραξία «SIEMENS ΑΚΤΩΡ ΤΕΡΝΑ». Αρχικά, είχε προβλεφθεί υπόγεια κατασκευή, αλλά στη συνέχεια αποφασίστηκε η υπέργεια.
«Στοπ» στην κατασκευή του υπέργειου προαστιακού σιδηροδρόμου, από Πειραιά έως τις Τρεις Γέφυρες, στο τμήμα που διέρχεται από τα όρια του Δήμου Αθηναίων, βάζει η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας.
