Το 2009 η AEGEAN μετέφερε 6,6 εκατ. επιβάτες, καταγράφοντας ετήσια αύξηση 10% στο σύνολο του δικτύου της. Στο δίκτυο εσωτερικού η AEGEAN μετέφερε 3,8 εκ. επιβάτες, σημειώνοντας αύξηση 2% σε σχέση με το 2008 ενώ στο δίκτυο εξωτερικού κατέγραψε αύξηση ύψους 22%, μεταφέροντας 2,8 εκ. επιβάτες.
Η κερδοφορία της εταιρίας επηρεάστηκε αρνητικά από την οικονομική κρίση διεθνώς και ιδιαίτερα το τελευταίο τετράμηνο του έτους από το επιδεινούμενο οικονομικό περιβάλλον στην Ελλάδα. Η αύξηση της παρεχόμενης χωρητικότητας από ανταγωνιστές τοπικά αλλά και σε διεθνές επίπεδο σε συνδυασμό με την αδύναμη καταναλωτική συμπεριφορά και την κάμψη της ζήτησης, οδήγησαν σε περαιτέρω πιέσεις στη μέση τιμή των ναύλων, επιδρώντας αρνητικά στην κερδοφορία της εταιρίας, η οποία κατά το τελευταίο τετράμηνο του έτους παρουσίασε αρνητικό αποτέλεσμα. Οι πιέσεις αυτές, εν μέρει μόνο αντισταθμίστηκαν από τις ωφέλειες που προήλθαν λόγω της ανανέωσης του στόλου της εταιρίας.
Ο κ. Δημήτρης Γερογιάννης, Διευθύνων Σύμβουλος, σχολιάζοντας τα αποτελέσματα ανέφερε σχετικά:
«To 2009, η εταιρία μας υλοποίησε σημαντικές επενδύσεις τόσο σε ότι αφορά την ανανέωση του στόλου με την παραλαβή 8 νέων αεροσκαφών Airbus A320 όσο και την επέκταση του δικτύου μας. Η λειτουργική κερδοφορία περιορίστηκε σημαντικά αλλά κρατήθηκε σε θετικό επίπεδο σε μία Ευρώπη όπου ελάχιστες εταιρίες παρουσίασαν θετικό αποτέλεσμα. Οι συνθήκες όμως που έχουμε να αντιμετωπίσουμε το 2010 είναι ακόμα δυσμενέστερες με την αγορά να υφίσταται τις συνέπειες της αρνητικής καταναλωτικής ψυχολογίας και της επιδεινούμενης οικονομικής συγκυρίας στην Ελλάδα. Σε αυτό το δύσκολο και ασταθές οικονομικό περιβάλλον οι στόχοι μας διαμορφώνονται με γνώμονα τις μακροπρόθεσμες προοπτικές της εταιρίας και επικεντρώνονται α) στην αποτελεσματική διαχείριση του κόστους, β) στην ενίσχυση των υπηρεσιών και των προσφορών προς τους καταναλωτές και γ) στη σύναψη και υλοποίηση όλων των αναγκαίων διεθνών και τοπικών συμμαχιών.