Στα μη διασυνδεδεμένα περιλαμβάνονται τα περισσότερα νησιά του Αιγαίου ενώ τα Επτάνησα είναι διασυνδεδεμένα με ηπειρωτικό δίκτυο. Ειδική νομοθεσία ισχύει για την Κρήτη και τη Ρόδο, που είναι οι δύο μεγαλύτερες αγορές.

Σύμφωνα με την πρόταση της ΔΕΗ, όπως ανακοινώθηκε από την επιχείρηση, η αγορά ηλεκτρικής ενέργειας στην Κρήτη και στη Ρόδο βασίζεται στον Ημερήσιο Ενεργειακό Προγραμματισμό (ΗΕΠ), οι προσφορές έγχυσης των Μονάδων γίνονται με βάση το μεταβλητό τους κόστος και η εκκαθάριση της αγοράς ηλεκτρικής ενέργειας γίνεται με την Οριακή Τιμή Συστήματος κάθε νησιού, με την οποία αμείβονται οι νέες Μονάδες για την παραγωγή τους. Οι παλαιές Μονάδες της ΔΕΗ αμείβονται για την παραγωγή με βάση το μεταβλητό τους κόστος. Το συνολικό κόστος παραγωγής κάθε νησιού, το οποίο αναλύεται σε κόστος ενέργειας, κόστος επικουρικών υπηρεσιών και κόστος ισχύος, χρεώνεται στους Προμηθευτές που δραστηριοποιούνται σε κάθε νησί, αντίστοιχα με τις καταναλώσεις των Πελατών τους.

Στα υπόλοιπα νησιά, ακολουθείται η διαδικασία εφαρμογής του ΗΕΠ και του Προγράμματος Κατανομής των Μονάδων σε κάθε νησί, με σκοπό την αξιόπιστη και οικονομική λειτουργία των αυτόνομων ηλεκτρικών συστημάτων και την υλοποίηση των συμβάσεων που έχουν συναφθεί μεταξύ Διαχειριστή Μη Διασυνδεδεμένων Νησιών και Παραγωγών ΑΠΕ.