Οι προκάτοχοί του είχαν κατηγορηθεί επίσης για σημαντικές υποθέσεις: για συγκάλυψη υψηλά ιστάμενων στελεχών των ναζί ο Ιωάννης Παύλος ο Β' και ο Βενέδικτος ο 16ος για οικονομικά σκάνδαλα και για συγκάλυψη του τεράστιου κυκλώματος παιδεραστίας.

Η ιστορία που κρύβεται πίσω από τον Χόρχε Μάριο Μπεργκόλιο έχει να κάνει με την πατρίδα του, την Αργεντινή και το στρατιωτικό καθεστώς του Χόρχε Ραφαέλ Βιντέλα, μια χούντα που απήγαγε από μαθητές και φοιτητές που διαδήλωναν μέχρι βρέφη μανάδων με αριστερή ιδεολογία.

Οι απόψεις που ακούγονται είναι διχασμένες. Κάποιοι υποστηρίζουν ότι ο Μπεργκόλιο είχε γυρίσει την πλάτη στο λαό και τα προβλήματα που αντιμετώπιζε, ενώ θυμίζουν πως την περίοδο που ήταν επικεφαλής των Ιησουιτών της Αργεντινής είχε «αδιαφορήσει» για την τύχη των Ορλάντο Γιόριο και Φρανσίσκο Χάλικς που είχαν συλληφθεί το 1976 έπειτα από την άρνησή τους να σταματήσουν τη δουλειά και τις επισκέψεις στις φτωχές συνοικίες.

Η αντίθετη πλευρά υποστηρίζει πως ο νέος πάπας έδρασε υπογείως στο καθεστώς Βιντέλα, παίρνοντας μάλιστα ρίσκο για τη ζωή του.

Ο ίδιος, στην προσωπική του βιογραφία είχε δηλώσει ότι κατά τη διάρκεια της δικτατορίας του Βιντέλα έκρυβε διωκόμενους στην εκκλησία του. Μάλιστα είχε πει πως είχε δώσει την ταυτότητά του σε έναν άνδρα που έμοιαζαν εμφανισιακά προκειμένου εκείνος να εγκαταλείψει την Αργεντινή.