- ο καθορισμός εθνικού συστήματος προστατευόμενων περιοχών, σύμφωνα με το οποίο οι προστατευόμενοι βιότοποι μπορούν να χαρακτηρίζονται ως: α) Περιοχές απόλυτης προστασίας της φύσης, β) Περιοχές προστασίας της φύσης, γ) Φυσικά πάρκα, τα οποία διακρίνονται σε Εθνικά και Περιφερειακά Πάρκα, δ) Περιοχές προστασίας οικοτόπων και ειδών που διακρίνονται σε Ειδικές Ζώνες Διατήρησης, Ζώνες Ειδικής Προστασίας και Καταφύγια Άγριας Ζωής, και ε) Προστατευόμενα τοπία. Σε αυτό το σύστημα βρίσκει για πρώτη φορά σημαίνουσα θέση το θαλάσσιο περιβάλλον, καθώς δίνεται η δυνατότητα χαρακτηρισμού σημαντικών περιοχών ως θαλάσσια καταφύγια ή προστατευόμενα θαλάσσια τοπία.
- η απαγόρευση, στις περιοχές του Δικτύου Natura 2000, της εγκατάστασης ιδιαιτέρως επικίνδυνων βιομηχανιών και γενικότερα οι μη φιλικές με το περιβάλλον δραστηριότητες. Επιτρέπονται όσες ενδεχομένως επιβλαβείς δραστηριότητες, τεκμηριωμένα και ελλείψει εναλλακτικών, χαρακτηρίζονται ως εθνικής σημασίας και επιτακτικού δημόσιου συμφέροντος για την εθνική οικονομία, υπό την προϋπόθεση ότι λαμβάνονται επαρκή αντισταθμιστικά μέτρα. Θεσπίζονται μέτρα για την προστασία των σημαντικών ειδών και του φυσικού χώρου και την προστασία της ενδημικής βιοποικιλότητας και του γενετικού κεφαλαίου. Θεσπίζονται επίσης ποινές για την πρόκληση ζημιάς σε προστατευόμενες περιοχές και ευαίσθητα οικοσυστήματα και προβλέπεται διαδικασία λήψης έκτακτων μέτρων σε περιπτώσεις κρίσιμης υποβάθμισης.
- κάθε φορέας συλλογής και επεξεργασίας δεδομένων για την κατάσταση του περιβάλλοντος, όπως ακαδημαϊκά ιδρύματα, περιβαλλοντικές Μη Κυβερνητικές Οργανώσεις, κ.ά., υποχρεούται να διευκολύνει την ελεύθερη και απρόσκοπτη πρόσβαση των πολιτών σε σχετική πληροφόρηση.
- η Εθνική Επιτροπή ΦΥΣΗ 2000 (που επανασυστάθηκε στις 10 Μαΐου 2010, μετά από απραξία έξι ετών) αποτελεί το κεντρικό επιστημονικό, γνωμοδοτικό όργανο του κράτους για το συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση των πολιτικών και μέτρων προστασίας της ελληνικής βιοποικιλότητας.
- ως βασικό εργαλείο διαχείρισης της βιοποικιλότητας, ορίζεται η Εθνική Στρατηγική για τη Βιοποικιλότητα, η οποία θα συντάσσεται από το ΥΠΕΚΑ ανά δεκαπέντε έτη και θα εγκρίνεται με πράξη Υπουργικού Συμβουλίου. Σε αυτήν συμπεριλαμβάνεται αναλυτικό Σχέδιο Δράσης, το οποίο θα επικαιροποιείται ανά πενταετία. Αρμόδιος φορέας του κράτους, για την προστασία της βιοποικιλότητας και την εφαρμογή της σχετικής νομοθεσίας είναι το υπουργείο Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής.