Η Εταιρεία άσκησε ήδη προσφυγές για φορολογικές διαφορές Φ.Π.Α. ποσού 350 χιλιάδων ευρώ περίπου, τις οποίες δεν αποδέχεται. Τονίζεται ότι σε όλες τις προηγούμενες οικονομικές χρήσεις, για το αντίστοιχο θέμα η Εταιρεία έχει δικαιωθεί στα Διοικητικά Δικαστήρια.
Μετά την ολοκλήρωση του τακτικού φορολογικού ελέγχου της εταιρείας Μινωικές Γραμμές για τις οικονομικές χρήσεις 2000-2005, προκύπτει για την εταιρεία επιστροφή ποσού 595 ευρώ χιλιάδες περίπου, το οποίο θα καταγραφεί στα οικονομικά αποτελέσματα του Α Εξαμήνου 2006.
