Οι διώξεις αφορούν σε τέσσερα κακουργήματα, αυτά της απιστίας προς την υπηρεσία, της απάτης από κοινού, της ψευδούς βεβαίωσης και του ξεπλύματος βρώμικου χρήματος.
Ακόμη, αφορούν σε πλημμελήματα της παράβασης καθήκοντος, της παράνομης μεταβίβασης μνημείου και παράβαση του νόμου περί κτισμάτων.
Ποινικές διώξεις κατά παντός υπευθύνου άσκησε η εισαγγελία εφετών για την υπόθεση της Μονής Βατοπαιδίου. Οι διώξεις, που αναμένεται να προσωποποιηθούν κατά τη διάρκεια της ανάκρισης αφορούν σε 31 εμπλεκομένους στην υπόθεση.
