Επίσης, κατά το 2009 ήταν εξαιρετικά αυξημένο το κόστος των υπηρεσιών, που διαμορφώθηκε στα 240,38 εκατ. ευρώ από 226,69 εκατ. ευρώ του 2008 (αύξηση κατά περίπου 14 εκατ. ευρώ). Η σημαντική αύξηση του κόστους κατά 6% οφείλεται αφ? ενός στο υψηλό κόστος των δαπανών για τη λειτουργία του συνόλου των εγκαταστάσεων της Ψυττάλειας και αφ? ετέρου στη μεγάλη κατανάλωση ενέργειας για την άντληση νερού από τη λίμνη Υλίκη, στα πλαίσια εφαρμογής του διαχειριστικού σχεδίου για την αντιμετώπιση του ενδεχομένου κινδύνου λειψυδρίας.
Οι παραπάνω αρνητικές εξελίξεις είχαν ως αποτέλεσμα να μειωθούν σημαντικά κατά το 2009 τα καθαρά προ φόρων κέρδη της ΕΥΔΑΠ, τα οποία διαμορφώθηκαν στα 18,02 εκατ. ευρώ, έναντι 49,21 εκατ. ευρώ του 2008, ενώ τα καθαρά μετά από φόρους κέρδη στα 5,74 εκατ. ευρώ από 31,23 εκατ. ευρώ του 2008. Πρέπει να σημειωθεί ότι στη μείωση των μετά από φόρους κερδών επέδρασε σημαντικά και η έκτακτη φορολογική εισφορά των 5 εκατ. ευρώ, που κατέβαλε η ΕΥΔΑΠ.