Σχετικά με τα επιμέρους μέτρα ενίσχυσης, το Γενικό Δικαστήριο υπενθυμίζει ότι η Επιτροπή χαρακτήρισε ως κρατική ενίσχυση υπέρ των Ολυμπιακών Αερογραμμών τις διαφορές (ύψους περίπου 40 εκατομμυρίων ευρώ) μεταξύ, αφενός, των χαμηλών μισθωμάτων που κατέβαλλαν οι Ολυμπιακές Αερογραμμές στην Ολυμπιακή Αεροπορία και στην Ελλάδα για την υπομίσθωση αεροσκαφών και, αφετέρου, των μισθωμάτων που οι δύο τελευταίες είχαν καταβάλει στο πλαίσιο συμβάσεων που είχαν συναφθεί με ιδιώτες εκμισθωτές. Στο πλαίσιο αυτό, το Γενικό Δικαστήριο διαπιστώνει ότι η Επιτροπή περιορίστηκε να λάβει υπόψη της μόνον αυτές τις διαφορές των μισθωμάτων για να καταλήξει στο συμπέρασμα της ύπαρξης κρατικής ενίσχυσης, χωρίς να εξετάσει τη σχέση μεταξύ των μισθωμάτων που κατέβαλλαν οι Ολυμπιακές Αερογραμμές και εκείνων που θα μπορούσαν να είχαν επιτύχει υπό τους συνήθεις όρους ανταγωνισμού της αγοράς. Για τον λόγο αυτόν, το Γενικό Δικαστήριο κρίνει ότι η Επιτροπή δεν εξέτασε προσηκόντως τον καθ' υπόθεση μη ανταγωνιστικό χαρακτήρα του ύψους των εν λόγω μισθωμάτων και ακυρώνει τις σχετικές διατάξεις της απόφασης της Επιτροπής.
Οσον αφορά τη φερόμενη υπερεκτίμηση (κατά περίπου 91,5 εκατομμύρια ευρώ) των στοιχείων ενεργητικού που μεταβιβάστηκαν στις Ολυμπιακές Αερογραμμές, το Γενικό Δικαστήριο καταλήγει στο συμπέρασμα ότι κακώς η Επιτροπή δεν εξέτασε χωριστά, στο πλαίσιο του ελέγχου του ποσού της αντιστάθμισης που χορήγησε το Δημόσιο στην Ολυμπιακή Αεροπορία για την απώλεια αυτών των στοιχείων ενεργητικού, αν τα διάφορα άυλα στοιχεία ενεργητικού, όπως οι χρονοθυρίδες, είχαν δική τους εμπορική αξία. Επιπλέον,σημειώνει το ευρωδικαστήριο, η Επιτροπή παρέλειψε να αιτιολογήσει το γιατί δεν έλαβε υπόψη τα προσδοκώμενα έσοδα από την πώληση δύο αεροσκαφών και να εκθέσει τους λόγους για τους οποίους έλαβε υπόψη της μόνον την καθαρή λογιστική αξία των μεταβιβασθέντων αεροσκαφών, αντί της τρέχουσας εμπορικής αξίας τους. Το Γενικό Δικαστήριο ακυρώνει, συνεπώς, την προσβαλλόμενη απόφαση λόγω αυτών των πλημμελειών.
Αντιθέτως, προκειμένου για την εκ μέρους του Ελληνικού Δημοσίου, αντί της Ολυμπιακής Αεροπορίας, πληρωμή ορισμένων τραπεζικών δανείων και μισθωμάτων χρηματοδοτικής μίσθωσης (ύψους περίπου 37 εκατομμυρίων ευρώ), καθώς και την απευθείας προκαταβολή (ύψους περίπου 8 εκατομμυρίων ευρώ) μέρους του ποσού που κατέθεσε η Ολυμπιακή Αεροπορία σε δεσμευμένο λογαριασμό, το Γενικό Δικαστήριο παρατηρεί ότι η Επιτροπή ορθώς θεώρησε, ιδίως λόγω της μικρής πιθανότητας επιστροφής των ποσών αυτών, ότι οι καταβολές αυτές συνιστούσαν παράνομη κρατική ενίσχυση. Το Γενικό Δικαστήριο επικυρώνει τέλος το συμπέρασμα της Επιτροπής ότι η συνεχής ανοχή του Ελληνικού Δημοσίου έναντι της Ολυμπιακής Αεροπορίας όσον αφορά τους φόρους και τις εισφορές κοινωνικής ασφάλισης (ύψους περίπου 354 εκατομμυρίων ευρώ) πρέπει να χαρακτηριστεί ως κρατική ενίσχυση.
Υπενθυμίζεται πως η Κομισιόν, με απόφαση της 14ης Σεπτεμβρίου 2005, είχε θεωρήσει ως παράνομες κρατικές ενισχύσεις τις διαφόρων μορφών επιδοτήσεις υπέρ της Ολυμπιακής Αεροπορίας και των Ολυμπιακών Αερογραμμών. Επρόκειτο για την καταβολή, εκ μέρους των Ολυμπιακών Αερογραμμών, χαμηλών μισθωμάτων για την υπομίσθωση αεροσκαφών (ύψους περίπου 40 εκατομμυρίων ευρώ), την καταβολή προς την Ολυμπιακή Αεροπορία του ποσού κατά το οποίο υπερεκτιμήθηκε η αξία των στοιχείων ενεργητικού που μεταβιβάστηκαν στη νέα αεροπορική εταιρία κατά τον χρόνο της σύστασής της (ύψους περίπου 91,5 εκατομμυρίων ευρώ), την πληρωμή, από το Ελληνικό Δημόσιο, αντί της Ολυμπιακής Αεροπορίας, ορισμένων τραπεζικών δανείων και μισθωμάτων χρηματοδοτικής μίσθωσης (ύψους περίπου 37 εκατομμυρίων ευρώ), καθώς και την απευθείας προκαταβολή προς την εταιρία αυτή ποσού περίπου 8 εκατομμυρίων ευρώ και, τέλος, για τη συνεχή ανοχή του Ελληνικού Δημοσίου έναντι τις Ολυμπιακής Αεροπορίας όσον αφορά τη μη καταβολή φόρων και εισφορών κοινωνικής ασφάλισης (ύψους περίπου 354 εκατομμυρίων ευρώ).
Κατά την τότε απόφαση της Επιτροπής, η Ελλάδα όφειλε να ανακτήσει αμελλητί τις διάφορες ενισχύσεις. Στη συνέχεια, και δεδομένου ότι η Ελλάδα παρέβη την υποχρέωση αυτή, το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο την καταδίκασε, με απόφαση της 14ης Φεβρουαρίου 2008 διότι δεν είχε ανακτήσει τις εν λόγω ενισχύσεις.