Mε κοινή υπουργική απόφαση, η οποία προωθείται από το ΥΠΕΧΩΔΕ στα υπουργεία Ανάπτυξης, Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, Εμπορικής Ναυτιλίας και Μακεδονίας & Θράκης, η χερσαία και θαλάσσια περιοχή των υγροτόπων του Δέλτα στις εκβολές του ποταμού Έβρου και της ευρύτερης περιοχής του χαρακτηρίζεται ως Εθνικό Πάρκο, με την ονομασία «Εθνικό Υγροτοπικό Πάρκο Δέλτα Έβρου».
Το Εθνικό Πάρκο Δέλτα Έβρου έχει συνολική έκταση 200.000 στρεμμάτων, αποτελεί υγρότοπο διεθνούς σημασίας και έναν από τους πλουσιότερους της Ευρώπης. Ηδη έχει συσταθεί στο ΥΠΕΧΩΔΕ ο φορέας διαχείρισης του ενώ έχει ενεργοποιηθεί το διοικητικό συμβούλιό του και έχουν εγκριθεί οι κανονισμοί λειτουργίας και διαχείρισης, προκειμένου να εξασφαλισθεί η ομαλή λειτουργία και χρηματοδότηση του. Οπως τόνισε ο κ. Γ. Σουφλιάς είναι η ένατη προστατευόμενη περιοχή που θεσμοθετείται από τον Μάρτιο του 2004. Προηγήθηκε- επίσης στο Νομό Έβρου- η θεσμοθέτηση του Εθνικού Πάρκου του δασικού συμπλέγματος Δαδιάς-Σουφλίου και επίσης έχουν οριοθετηθεί και θεσμοθετηθεί Εθνικά Πάρκα στην Λίμνη Κερκίνη, στη Βόρεια Πίνδο, στη Λίμνη Κάρλα, στη Λιμνοθάλασσα Μεσολογγίου, στον Υγρότοπο Αξιού-Αλιάκμονα-Γαλλικού-Λουδιά-Λιμνοθάλασσας Καλοχωρίου, στη Λίμνη Καστοριάς και στο Ψαλίδι της Κω.» Η περιοχή αποτελεί Ζώνη Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ), περιλαμβάνεται στους υγροτόπους διεθνούς ενδιαφέροντος της Σύμβασης Ramsar από το 1975 και έχει καταχωρηθεί στον Εθνικό Κατάλογο περιοχών του Ευρωπαϊκού Οικολογικού Δικτύου NATURA 2000, σύμφωνα με την Κοινοτική Οδηγία 92/43/ΕΟΚ. Ο χαρακτηρισμός ως Εθνικού Πάρκου γίνεται με βάση Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη (Ε.Π.Μ) που εγκρίθηκε από το Υ.ΠΕ.ΧΩ.Δ.Ε. Με την Απόφαση, η περιοχή χωρίζεται σε οκτώ (8) ζώνες προστασίας, ενώ οριοθετείται και Περιφερειακή Ζώνη. Συγκεκριμένα, οι ζώνες είναι οι εξής: Ζώνη Α: Χαρακτηρίζεται ως Περιοχή Προστασίας της Φύσης (αρ. 19 του Ν.1650/1986). Περιλαμβάνει υγροτοπικές εκτάσεις στην περιοχή Αλμύρες, ακτές και νησίδες των Δελταϊκών Σχηματισμών, τη λίμνη Νυμφών και αβαθή θαλάσσιο χώρο νοτιοδυτικά αυτών. Ζώνη Β: Καταλαμβάνει το Δυτικό τμήμα του Πάρκου. Περιλαμβάνει τις υγροτοπικές και χέρσες εκτάσεις των περιοχών Μαυρότοπος, Νησί, Βάλτος και αβαθή θαλάσσιο χώρο νότια των περιοχών αυτών. Ζώνη Γ: Καλύπτει μεγάλο τμήμα του βόρειου και ανατολικού μέρους του Πάρκου. Περιλαμβάνει τις λιμνοθάλασσες Δράνας, Αβγανών, Βουλγαρούδας, Μονολίμνης, υγροτοπικές εκτάσεις, χορτολίβαδα και γεωργικές καλλιέργειες. Ζώνη Δ: Σε αυτήν υπάγεται η περιοχή που περικλείεται μεταξύ του χειμάρρου Λουτρού και της Ε.Ο Αλεξανδρούπολης-συνόρων. Ζώνες Ε,Ζ,Η και Θ: Σε αυτές ανήκουν τμήματα που περικλείονται μεταξύ αναχωμάτων ή βραχιόνων του ποταμού Έβρου και της συνοριακής γραμμής. Η Περιφερειακή Ζώνη περιλαμβάνει τις περιοχές νότια της σιδηροδρομικής γραμμής Αλεξανδρούπολης-Ορεστιάδας, που περιβάλλουν τις Ζώνες του Πάρκου. Οι Ζώνες Α, Β και Γ περιλαμβάνουν το κύριο μέρος των ευαίσθητων περιοχών του οικοσυστήματος του Δέλτα, των βιοτόπων και της ορνιθοπανίδας. Εκεί διαβιούν τα είδη ορνιθοπανίδας που θεωρούνται κινδυνεύοντα, σύμφωνα με τις οδηγίες 79/409 και 92/43 ΕΟΚ. Οι Ζώνες Δ, Ε, Ζ, Η και Θ είναι περιοχές, οι οποίες έχουν επίσης σημαντική οικολογική αξία, αλλά ταυτόχρονα παρουσιάζουν μεγαλύτερη ανθεκτικότητα. Επομένως, η προστασία τους κρίνεται συμβατή με την άσκηση ορισμένων παραδοσιακών δραστηριοτήτων και συμβατών οικονομικών εκμεταλλεύσεων. Με την Απόφαση καθορίζεται ακόμα ότι: - Επιτρέπεται σε όλη την έκταση του Εθνικού Υγροτοπικού Πάρκου η επιστημονική έρευνα των χαρακτηριστικών του οικοσυστήματος. - Επιβάλλονται κανόνες που ρυθμίζουν την παραμονή και τη διέλευση του κοινού με σκοπό την παρακολούθηση της φύσης και την αναψυχή, τη στάθμευση των οχημάτων των υπηρεσιών και των επισκεπτών, καθώς και την κατασκευή χώρων στάθμευσης των οχημάτων αυτών σε απολύτως προσδιορισμένα σημεία. - Επιτρέπονται, ακόμα, η εκτέλεση έργων διαχείρισης των υδάτινων πόρων, εφόσον έχει προηγηθεί Μελέτη Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων, η επαγγελματική και ερασιτεχνική αλιεία, η κίνηση σκαφών αναψυχής (διέπεται από τους κανόνες διέλευσης των σκαφών ερασιτεχνικής αλιείας), η χρήση και αποκατάσταση των λιμνοθαλάσσιων οικοσυστημάτων ως φυσικών ιχθυοτροφείων και η λειτουργία των υφιστάμενων γεωτρήσεων, εφόσον δεν δημιουργούν προβλήματα αλάτωσης.