Ο ιεράς κρίθηκε ένοχος για περισσότερα αδικήματα από όσα είχε κριθεί πρωτοδικώς. Πιο συγκεκριμένα, σε δεύτερο βαθμό ο πατέρας Αντώνιος κρίθηκε ένοχος για 9 από τις 19 πράξεις για τις οποίες δικάστηκε, όλες σε βαθμό πλημμελήματος. Αντίθετα σε πρώτο βαθμό ο ιερέας είχε καταδικαστεί για πέντε πράξεις.
Ειδικότερα, το Εφετείο έκρινε ένοχο τον ιερά κατά περίπτωση για έξι πράξεις βαριάς σωματικής βλάβης ανηλίκων που βρίσκονταν υπό την προστασία του δράστη, ηθική αυτουργία σε επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκου, ηθική αυτουργία σε απλή σωματική βλάβη και ηθική αυτουργία σε απειλή.
{https://exchange.glomex.com/video/v-dgispc5xda6h?integrationId=eexbs1jkg0kofln}
Με την ίδια απόφαση τα μέλη του δευτεροβάθμιου δικαστηρίου έκριναν ενόχους ακόμη τέσσερις συνεργάτες του πατρός Αντωνίου, μεταξύ αυτών πρώην μέλος του διοίκησης της Κιβωτού του Κόσμου, ο πρώην υπεύθυνος παιδαγωγών Βόλου και η πρώην διευθύντρια της δομής στο Βόλο. Οι εν λόγω κατηγορούμενοι κρίθηκαν ένοχοι για πράξεις βαριάς σωματικής βλάβης, επικίνδυνης σωματικής βλάβης, απλή σωματικής βλάβης, απειλής και έκθεσης. Αντίθετα, το δικαστήριο απήλλαξε πλήρως από τις κατηγορίες δύο κατηγορούμενους της υπόθεσης.
Ακολούθως, ανακοινώθηκε η απόφαση του δικαστηρίου επί των ποινών:
Στον πατέρα Αντώνιο επιβλήθηκε συνολική ποινή φυλάκισης 9 έτη και 6 μήνες, εκ των οποίων εκτιτέα είναι τα 8 χρόνια.
Η ποινή του μετατράπηκε σε χρηματική προς 10 ευρώ ημερησίως, άρα συνολικά πρέπει να καταβάλλει στο ελληνικό δημόσιο λίγα περισσότερα από 60.000 ευρώ για να μείνει εκτός φυλακής. Η τελεσίδικη ποινή σε βάρος του ιδρυτή της Κιβωτού είναι σχεδόν διπλάσια από την πρωτόδικη των 51 μηνών, καθώς μετά την έφεση που άσκησε ο Εισαγγελέας, ο πατέρας Αντώνιος σε δεύτερο βαθμό, δικάστηκε από μηδενική βάση και καταδικάστηκε για περισσότερες πράξεις.
Οι υπόλοιποι τέσσερις καταδικασθέντες έλαβαν ποινές φυλάκισης από 1 χρόνο και 8 μήνες έως 4 χρόνια και 7,5 μήνες, κατά περίπτωση. Σε δύο εξ αυτών οι ποινές μετατράπηκαν σε χρηματικές, προς 10 ευρώ ημερησίως και για τους άλλους δύο δόθηκε αναστολή στην έκτιση της ποινής.
